1855年（咸丰五年）各路捻军齐集安徽亳州雉河集（今涡阳）举行军事会议，决定结为联盟，推张乐行为首领，号称“大汉盟主”（一作“大汉明命王”），下设军师、司马、先锋等职；改编捻军为五色总旗，每旗各有统将指挥，名为“总目”。张乐行兼领黄旗，为黄旗总目；军师龚得树领白旗，为白旗总目；韩奇峰、苏天福、侯士伟分别为蓝旗、黑旗、红旗总目。除五色旗外，还有各种镶边旗和八卦、水花等旗色，各旗统领皆听盟主调遣；总旗下设有大旗，四、五百至一、二万人不等，为捻军的基本单位，可单独作战；大旗下为小旗，是捻军最基层的组织，无固定编制。五旗军制确定后，张乐行曾颁布《行军条例》，严肃军事纪律。至此，捻军由分散趋于统一，并大体上建立了自己的军事体制。