1942年—1964年，在北京大学哲学系任教，历任讲师、副教授、教授（期间：1956年晋升为教授）。

1946年，西南联合大学解散，任继愈也随之回到北京大学。

1955年—1966年，担任《北京大学学报》人文科学版编辑。

1956年，加入中国共产党，同时兼任中国科学院哲学研究所研究员，为中华人民共和国培养第一批副博士研究生。

1964年，负责筹建国家第一个宗教研究机构——中国科学院世界宗教研究所，任所长。

1978年，先后担任中国社会科学院研究生院教授和博士生导师，开始招收宗教学硕士生、博士生。

1999年，当选为国际欧亚科学院院士。

1987年—2005年，任中国国家图书馆馆长。

1996年，主持重新组建中国无神论学会；9月，回乡参加平原一中70周年校庆。

2009年7月11日，逝世，享年93岁。

任继愈提出“儒教是宗教”的论断，是对中国传统文化性质的总体认识和定位，是认识把握中国传统文化的重大基础性理论贡献，在学术界引起了巨大的震动，具有深远影响。他认为中国的儒教就是宗教，而教主就是孔子。任继愈从各个方面论证了他的这个观点，他从儒教的发展与演变、个性与共性，历史与现实等各个方面，透辟的分析了儒家思想在中国的宗教性特质。同时他认为宗教之所以是宗教，有它的本质部分和外壳部分，本质是信仰与追求，外壳是信奉对象、诵读经典的组织形式。儒家作为中国的传统宗教，其本质部分就是提倡禁欲、重“忠孝”，尊“三纲”，这既是宗教思想，也是政治思想，它比较适应大一统国家的生存要求。而其外壳部分则是，它信奉“天地君亲师”，这符合宗教外壳的组织形式。而对于一个宗教的认定，重要的是信仰的本质，而不在于形式。他以整理传统文化资料为自己重要的历史使命，先后组织领导乃至亲自主持多项大规模的文化工程。他先后创办了《世界宗教研究》《科学与无神论》等杂志，在提倡学术研究、宣传科学世界观、健全民族精神方面，发挥了巨大的作用。

任继愈认为儒、释、道是中国传统文化的三大支柱，并深刻而又广泛地影响着中国社会各阶层。他力图把中国佛教思想纳入中国哲学发展的主流。并认为，道教对中华民族的重要性决不下于佛教。在他的思想意识当中，始终认为思想文化的研究也要从国情出发，而“多民族统一大国”则永远是中国的国情。他坚信人类走到某一天，有可能便会进入“大同社会”。国家组织消亡，而宗教与哲学依然存在。

任继愈主要著作有《汉唐佛教思想论集》《中国哲学史论》《任继愈学术论著自选集》《任继愈自选集》《墨子与墨家》《韩非》《老子新译》《天人之际》《念旧企新》《任继愈哲学文化随笔》《竹影集》等；与人合著《中国近代思想史讲授提纲》等；主编有《中华大藏经》（汉文部分），《中华大典·哲学典》《中华大典·宗教典》《中国哲学发展史》《中国佛教史》《中国道教史》《道藏提要》《宗教词典》《宗教大辞典》《佛教大辞典》《国家图书馆藏敦煌遗书》《中国历史文化丛书》等。

任继愈曾先后到尼泊尔、日本、加拿大、美国、法国、意大利、俄罗斯、南斯拉夫、印度、巴基斯坦访问讲学。

任继愈主编的《中华大藏经》（汉文部分上编）获全国古籍整理一等奖、国家图书奖荣誉奖。

任继愈认为中国的教育是不全面的，概括起来，主要存在三个方面的问题：一是缺乏做人的教育，二是缺乏传统历史的爱国教育，三是缺乏创造力的教育。他表示，教育的一个根本原则是育人，不能只看知识传授。育人，就是教人怎么做人，怎么做一个合格的公民。在这方面，中国欠缺是很多的。至于传统历史爱国主义的教育，是中华民族教书育人的基础。一个人最重要的品格是爱国。不了解自己国家的历史，爱国主义就会是一句空洞口号。

1942年—1964年，任继愈先后在北京大学讲授中国哲学史、宋明理学、中国哲学问题、朱子哲学、华严宗研究、佛教著作选读、隋唐佛教和逻辑学等课程，并在北京师范大学教授中国哲学史课程。1985年，与北京大学合作培养宗教学本科生，为国家培养大批宗教学研究人才。

任继愈编写的《中国哲学史》四卷本长期作为大学教材，获国家教育部特等奖。

任继愈的四爷爷任金栋，在1901年 （清光绪二十七年）创办了酿造作坊 “通德号”，他的爷爷任金杰是名教师，其兄任金俊在蒙阴县任教谕，三弟在家种地。任继愈家里有兄弟四个，大哥早逝，他排行老二，老三是经济学家任继亮，老四是任继周。

任继愈的夫人是冯钟芸，她是清华大学中文系毕业生，并在中文系任教10年。冯钟芸的大伯父冯友兰1928年加入清华大学文学院并曾任院长，父亲冯景兰1933年加入清华大学地矿系任教并曾任系主任。

任继愈的女儿是任远，儿子是任重，儿媳妇是张维萍。

任继愈年轻时喜欢运动，初中时喜欢打篮球，高中时喜欢打网球，大学时喜欢打乒乓球。任继愈坚持“多读书，多睡觉，多用脑（指作学问）”，主张“药补不如食补，食补不如视补”。他每天在早晨4、5时至8时之间读书、写作。

20世纪70年代初期，由于劳累过度，任继愈双目视网膜脱离，右眼失明，左眼仅有0.6的视力。

他（任继愈）年事虽高，精神却是大好，谈起往事，思路也较为清晰。与他的外部所呈现出的性格一样，低调而不善言辞，他的语言朴素、简短和实在，甚至有点“乏味”。在回答问题上，他也时不时地会在你高度渴望他长篇大论时“鸣金收兵”，弄得你顿时慌了神，而他正微笑的等待你下一个问题。（新华网评）

任继愈谈吐睿智，观点前卫，思考深邃。与任老交谈，不会感觉到任何年龄的隔阂。因为他的心始终在和时代的脉搏一起跳动。（《大众日报》评）

任老（任继愈）总是那么谦虚，一点架子都没有。他学贯中西、博学健谈、治学严谨、慈祥和善、谦虚低调、耿介正直、高风亮节。他是我们的学界楷模，道德宗师。（青岛黄海学院原党委副书记宋庆泽评）

任继愈是中国用马克思主义研究哲学和宗教的第一人，也是中国哲学界和宗教界的大师泰斗，被誉为“图书馆界的一面旗帜”。（青岛黄海学院评）

任继愈敏思而饱学，远在常人之上。他说话有点木讷，不是思想迟缓，而是思维过快、过深，瞬间有好几个思维层次奔涌而出，他的脑子里要经过一番挑选才能说出口来。因此说话有时不够畅达，过分简略，点到即止，甚至有时令人觉得他有些矜持。这与他从不自诩的内敛性格有关。（任继愈胞弟、中国工程院院士任继周评）

任继愈先生学术成就卓越，影响深远，是中国马克思主义宗教学的开创者和奠基人，更是后辈盟员的榜样和楷模。他既是一个平凡的普通人，又为中国文化、哲学、宗教，为世界作出了伟大贡献，这位学术大师用他近一个世纪的生命征程，将平凡与伟大很好地结合起来。（中国民主同盟评）

“任先生是图书馆界的一面旗帜，作为一名德高望重的资深学者，这面旗帜和国家图书馆的地位是相称的，把许多专家学者、知识界以及社会上关心图书馆事业的人们吸引、聚集到这面旗帜下，大大提高了国家图书馆崇高的学术地位、文化形象。”（文化部原部长孙家正评）

“他（任继愈）特别能采取平等的态度来研讨，跟学生在一起也特别随便，从来不会用自己的身份强迫别人接受他的观点。任先生始终都把自己当成一个最平常、普通的人，他没有任何特别的特点，可是这也就是他最特别的地方。”（中国社会科学院荣誉学部委员杜继文评）

任继愈在国家图书馆有很高的威望，他一生处世低调，不图虚名。（国家图书馆副馆长陈立评）

任继愈为促进国际学术交流、传播中华文化作出了积极贡献，使国家图书馆迈入了世界图书馆先进行列，为中国图书馆事业作出了重大贡献。（中国藏学研究中心评）

为了感恩任继愈先生对青岛黄海学院教育事业的关怀和支持，弘扬任继愈先生精神，青岛黄海学院在图书馆前专门树立了任继愈先生雕塑。

2019年7月12日，国家图书馆举办纪念任继愈先生逝世十周年座谈会，旨在深切缅怀任先生对中国图书馆事业和中华民族文化振兴的卓越贡献，号召国图党员干部员工学习任先生等老一辈图书馆人的图书馆情怀和奋斗精神。