久寿二年（公元1155年）7月23日，近卫天皇驾崩。朝廷召开会议讨论继位的人选，参加会议的公卿有久我雅定（源雅定）、三条公教等人，均与美福门院渊源颇深。王位继承的候选人有重仁亲王、守仁亲王和暲子内亲王，重仁亲王是最有力的候选人。然而，美福门院害怕崇德院掌权会对自己造成掣肘，藤原忠通在重仁亲王出生一事上对崇德院早有不满，雅仁亲王乳母的丈夫信西也在对权力虎视眈眈。因此，众人合力决定由美福门院的另一个养子守仁亲王，即崇德院四弟雅仁亲王之子继位。但由于守仁亲王年幼，无法越过还在世的父亲雅仁亲王继统。而且如果守仁立即登基，在其成年之前一旦发生鸟羽法皇驾崩的情况，作为上皇的崇德院便有可能成为实权的掌控者。为了避免这两种情况的发生，便决定先由守仁亲王的生父雅仁亲王登上皇位，是为后白河天皇。

在这个紧要关头，藤原赖长因为给妻子服丧的缘故没有参加会议。然而外界已经有传闻，说近卫天皇的死是忠实与赖长诅咒的结果，藤原赖长事实上已经处于失势状态。忠实劝赖长谨慎行事，意欲通过皇后高阳院再次恢复法皇的信任。但12月高阳院去世后，忠实、赖长的愿望也彻底破灭。

新体制成立后，后白河天皇与藤原忻子、守仁与姝子内亲王的联姻相继举行。忻子出身于待贤门院及赖长夫人的娘家德大寺家。姝子内亲王是美福门院的女儿，同时也是统子内亲王（待贤门院之女、后白河天皇同母姐）的养女。这被认为是修复待贤门院派和美福门院派之间的裂痕、同时瓦解支持崇德和赖长势力的行动。

然而，在新体制的基础尚未稳固的保元元年（公元1156年）5月，鸟羽法皇病倒。对于以法皇的权威为挡箭牌压制崇德、赖长的美福门院、忠通、院近臣来说，这是重大的政治危机，鸟羽院周围的活动变得异常繁忙。据《愚管抄》记载，由于担心政局不稳，藤原宗能催促法皇计议今后的对策，卧病在床的鸟羽法皇便下令源为义、平清盛等10名北面武士签署祭文（誓约书）交给美福门院。源为义是藤原忠实家的武士，而平清盛的亡父忠盛是重仁亲王的监护人。因为很难保证他们在法皇死后是否愿意跟随美福门院，所以在法皇还活着的时候，有必要让他们预先宣誓忠诚。在法皇病势沉重的6月1日，以法皇所在的鸟羽殿为中心，源光保、平盛兼等有力的北面武士和河内源氏的源义朝、源义康分别率领随兵开始护卫（《兵范记》7月5日条）。

一个月后，鸟羽法皇于7月2日申时（下午4时左右）驾崩。崇德上皇在临终前前来探病，但没能见到父亲。据《古事谈》记载，法皇吩咐亲信藤原惟方不要让崇德看到自己的遗体。崇德上皇愤慨地返回鸟羽田中殿。葬礼从酉日（下午8时左右）开始，由少数鸟羽院的近臣主持。

鸟羽法皇驾崩不久，事态骤变。7月5日，“上皇左府同心发军，欲奉倾国家”的流言在京都散布开来。为了应对风闻，后白河天皇敕令召集检非违使平基盛（平清盛的次子）、平维繁、源义康，停止京中武士的活动（《兵范记》7月5日条）。第二天6日，因为有受赖长之命潜伏在京都的嫌疑，大和源氏的源亲治被平基盛逮捕（《兵范记》7月6日条）。法皇的“头七”日，即7月8日，后白河天皇向诸国下令停止藤原忠实和赖长庄园中军兵的集结。同时派藏人高阶俊成和武士源义朝的随兵闯入摄关家正邸东三条殿，将其中的财物没官。没官意味着赖长被判谋反，而藤氏长者被判谋反是前所未闻的。摄关家的家司平信范（《兵范记》的记主）由此慨叹道：“子细难尽笔端”（《兵范记》7月8日条）。

这一系列的措施虽然依照后白河天皇的敕命，但实际上在背后掌管一切的是后白河的亲信信西。在这前后，忠实和赖长并没有采取任何行动。忠实、赖长被逼到穷途末路，除了举兵打开局面以外别无他法。

7月9日深夜，崇德上皇与少数亲信逃出鸟羽田中殿，进入统子内亲王位于洛东白河的御所，《兵范记》同日条对此的记载是“上下成奇、亲疏不知”。作为皇子的重仁亲王也没有同行，说明这场行动是突发性、出乎预料之外的。虽然没有对崇德院进行直接攻击，但世间已经流传着“上皇左府同心”的传闻，如果继续留在鸟羽，就会有被拘留的危险，因此崇德院决定出逃。白河离洛中较近，并不适合作为军事据点。而平氏的根据地六波罗位于白河南侧，可以推测，这种做法是对“自己将成为新的治天之君”的宣言，以此期待获得北面武士之中最大兵力的平清盛以及不明确立场的贵族阶层的支持。

10日晚，赖长从宇治上洛进入白河北殿。被打上谋反人烙印的赖长为了得到举兵的正当性，决心拥戴崇德。聚集在白河北殿的贵族中，有崇德的近臣藤原教长、赖长母系家人藤原盛宪、经宪两兄弟。武士中有平家弘、源为国、源为义、平忠正（平清盛的叔父）、源赖宪等。武士除了崇德的随从家弘、为国之外，为义和忠正是藤原忠实的家人，赖宪是摄关家领多田庄的庄官，都与忠实、赖长有主从关系。崇德阵营的武士限于摄关家的私兵集团，兵力甚弱，劣势明显。因为已故的忠盛曾是重仁亲王的监护人，所以崇德对清盛站在自己一边抱有一线希望。但重仁亲王的乳母池禅尼预测崇德方面将会失败，命令其子赖盛与清盛合作（《愚管抄》）。

据《保元物语》，在白河北殿召开军事会议时，源为朝曾献策夜袭高松殿。但赖长将其斥退，决定等待信实率领的兴福寺僧兵等来自大和的援军。

与此相对，后白河阵营也以崇德上皇的举动“是日来之风闻，已所露显也”（《兵范记》7月10日条）为由，开始动员武士。高松殿除了警备的源义朝、源义康之外，平清盛、源赖政、源重成、源季实、平信兼、平维繁也陆续被召集，“军如云霞”（《兵范记》7月10日条）。当天，忠通、基实父子也参与其中。另外《愚管抄》《保元故事》《帝王编年记》记录了公卿们曾陆续入宫觐见，但《兵范记》7月11日条记录“公卿并近卫不参”，作为旧赖长派的内大臣德大寺实能也只是在军队出击后才露面。据推测，大部分的公卿都以为鸟羽法皇服丧为由不入宫出仕，静观局势。

清盛和义朝被叫到天皇御前，接受开始作战的命令后准备出击。 根据《愚管抄》，信西和义朝强硬地主张在攻击时先发制人，藤原忠通一直在犹豫，但还是被强行说服了。

7月11日凌晨，清盛率领的300多骑占领二条大路，义朝率领的200多骑占领大炊御门大路，义康率领的100多骑沿着近卫大路向东行进，在寅时（凌晨4点左右），与上皇方的战斗打响。后白河天皇与神镜剑玺一起移驾高松殿旁的东三条殿，源赖盛率数百兵力把守。

战斗的具体情况只能依靠《保元物语》推测。上皇方面，擅长强弓的源为朝表现出异于常人的英勇活跃。清盛军中有力的将领藤原忠直、山田是行因此牺牲，义朝军也以超过50名的死伤者被迫撤退。为朝的强弓后来被负伤的大庭景义称赞为“吾朝无双之弓矢之达者也”（《吾妻镜》建久二年（公元1191年8月1日条）），可见这是事实。另外《保元物语》中记载了发生在白河北殿门前的激烈争斗，但实际上可以推测是隔着鸭川的拉锯战。

久攻不下的天皇方投入了赖政、重成、信兼作为援军，同时采纳了源义朝的献策，火烧位于白河北殿西邻的藤原家成邸。风助火势，在辰时（上午8时左右）大火延烧到白河北殿，上皇方彻底溃败，崇德上皇和赖长逃出皇宫后行踪不明。天皇方为了扫荡残敌搜查了法胜寺，同时焚毁了源为义在圆觉寺的住所。后白河天皇得知胜利的消息后返回高松殿。中午12点左右，清盛、义朝也返回大本营，战斗结束。得知赖长败北的藤原忠通从宇治逃亡到奈良。

战斗胜利后，朝廷在这一天内下达了恢复藤原忠通为藤氏长者的宣旨，并对有战功的武士给予恩赏。清盛被补任为播磨守，义朝被补任为右马权头（后改为左马头），义朝和义康被认可为内升殿。在藤原道长之后，藤氏长者的地位只有摄关家的家长有决定权，而天皇无权任命。忠通可能因为对外界的介入感到不满，以吉日受领为由推辞。

崇德则在源为义、平家弘等人的保护下暂时逃到东山的如意山，决意投降并出家，与武士们诀别（《保元物语》）。13日，崇德上皇进入仁和寺，投奔同母弟觉性法亲王。但觉性却将其逮捕，关押在宽遍法务的旧房里，由源重成看押。赖长在战斗中被流矢射中，头颈部受重伤，在奄奄一息中沿木津川逃到南都投奔父亲忠实，却被忠实拒之门外。后来赖长被抬进母方叔父千觉的住处，但由于伤重不治，于14日去世（《兵范记》7月21日条）。

随着崇德的投降，藤原教长、源为义等上皇方的贵族武士也纷纷投降。被认为是上皇方核心人物的藤原教长受到严厉的审问逼供：“去十一日，于新院御在所整储军兵、欲奉危国家子细，依实弁申者”（《兵范记》7月15日条）。

23日，崇德上皇被流放到赞岐。这是继藤原仲麻吕之乱中淳仁天皇的淡路配流后，时隔400年再次发生天皇或上皇的配流事件。此后崇德再也没能踏上京城的土地，于8年后的长宽2年（1164年）逝世。其子重仁亲王以宽晓（堀河天皇的皇子）弟子的身份出家，法名空性。

27日，以“与太上天皇及前左大臣同意、欲奉危国家”为由，朝廷向赖长之子（兼长、师长、隆长、范长）和藤原教长等贵族与源为义、平忠正、平家弘等武士下达罪名的宣旨。忠实因年事已高和忠通的奔走游说，免于被控罪，但被幽禁在洛北知足院。

对武士的处罚非常严厉，药子之变以来没有得到正式执行的死刑被复活了。28日，平忠正被斩首。30日，源为义和平家弘也被斩首。虽然对死刑的复活也有很多人提出了疑问（《愚管抄》），但因为信西具有《法曹类林》的法律知识，无人能反驳信西的裁决。贵族被判流放罪，8月3日被押解去往各个流放地。独自逃亡的源为朝，则在8月26日在近江潜伏的时候被源重贞抓获。据《保元物语》记载，他因武勇而被减刑，流放到伊豆大岛。

就这样，天皇一方成功地排除了反对派。这场政斗史称“保元之乱”，是一场兄弟阋墙、父子相争的争位之战。它标志着新兴武士阶层不但在地方上耀武扬威，甚至已经把势力延伸到了朝廷内部，公开插手皇室纠纷。宫廷中的矛盾通过武力得到解决、时隔数百年再次执行死刑，这给人们带来了巨大的冲击。慈圆在《愚管抄》中说，这场动乱是“武者之世”的开端，也是历史的转折点。公家政权的时代即将结束，武家政权的时代就要到来。