台湾盐博物馆的筹建可追溯到1994年，当时是“立委”在台当局“立法院”要求公营事业应为历史文化贡献心力，而计划兴建博物馆，但此意见只有当时的台盐董事长余光华深表赞同。而为了兴建博物馆，台盐开始搜集相关文物及文献，举办摄影比赛和征集老照片，并进行口述访谈，然而后来在1990年时台盐公司因为民营化，将博物馆连同盐田一同缴回“国有财产局”，并停止编列第三期工程预算而使得其周边设施与盐业文化园区后续规划案等计划无法进行下去，最后只完成馆内馆内八成左右的设施。

这令许多文史工作者担心盐博馆就此成为“文化弃婴”，便要求台当局“行政院”文化建设委员会接管，而最后盐博馆则交由台南市政府管理。但台南县政府又因各种理由，打算将盐博馆转交给海洋生物博物馆管理。在多方协调之后，决定在过渡期“中委外”经营。由于采购法的规定，所以必须进行公开招标，而引来民间厂商的兴趣。对于这种情况，盐光文教基金会与文史工作者联合声明反对营利导向的民间业者涉入盐博馆的经营。