司马恢之历任骠骑司马、丹阳尹（丹阳郡治建康），隆安五年六月甲戌（401年6月27日），孙恩从海上攻至丹徒，有士兵十余万人，楼船一千多艘，东晋政府大为震动。六月乙亥（401年6月28日），朝廷派冠军将军高素、右卫将军张崇之驻守石头城，辅国将军刘袭栅断淮口，丹杨尹司马恢之戍守南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃守备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国屯兵中皇堂。征召豫州刺史、谯王司马尚之守卫京师。

元兴初年，司马恢之的大哥司马尚之为桓玄的部队杀害，司马恢之和弟弟司马允之被桓玄流放到广州，在途中被杀害。晋安帝复位后，追赠司马恢之为抚军将军。

《晋书》卷37《谯刚王逊传》附《司马恢之传》