弘治八年（1495年）八月，升任吏部右侍郎，次年（1496年）因继母去世归家服丧。吏部缺员，孝宗命虚位待之，待吴宽守丧三年，让其掌詹事府事，入直东阁，专典诰敕，并侍从皇太子朱厚照。

宦官大多不愿让太子接近儒臣，多次用他事中断讲读。吴宽率领僚属上疏说：“东宫讲学，寒、暑及风雨天就停讲，每月初一、十五和节日停讲，讲学一年不过数月，一月不过数日，一日不过数刻。是进讲的时间少，停讲的日子多，怎能容许又借其他事妨碍讲学。古人八岁时就随师学习，居宿于外，是想他远离不好的环境亲近君子。百姓尚且如此，况且是天下之本的太子呢？”孝宗赞许并接纳了他的意见。

弘治十五年（1502年）二月，与翰林院侍读学士刘机同任会试考试官。此时吴宽已年近古稀，曾称病求退，被孝宗下旨挽留。到本年八月，他再度请求致仕，孝宗仍加以勉留。

弘治十六年（1503年）二月，因《大明会典》纂修完成，吴宽作为副总裁，被升授为礼部尚书，仍掌詹事府事。他是当时文学侍从之臣中声望最高的一位。另一位状元谢迁进入内阁后，多次建议引吴宽入阁参与机务，但遭到首辅刘健的反对，刘健说：“待我去再用之（吴宽）。”一次，谢迁又提起此事，力争不得，于是声色俱厉道：“我难道是偏私于吴宽吗？只是考虑到吴宽的科第、年岁、声望都超过我，我超过他位居于此，心中着实惭愧，所以才陈说此事，而您始终不纳其入阁，这是什么原因？”刘健只是笑而不答。到谢迁因天变引退时，仍举荐吴宽接替自己，其建议仍未被采用。朝内外都为吴宽惋惜，但他坦然道：“我一开始就没有入阁的念头。”

钱太后（参见词条孝庄钱皇后）去世时，朝臣商议将来周太后（参见词条孝肃周皇后）去世，与钱太后一同合葬到明英宗的裕陵中，将灵位纎享到太庙中英宗的庙室里，享受原配待遇。弘治十七年（1504年），周太后去世，准备纎享太庙，孝宗却认为将英宗周贵妃（周太后）与英宗钱皇后一同祔享太庙不合适，要求礼官重新讨论。吴宽说《诗经·鲁颂》中的《閟宫》篇以及《春秋》记载的仲子之宫都是另建一神庙，认为汉、唐也是依照此例。正好朝臣大多也主张周太后纎享别庙，孝宗允准。

弘治十七年（1504年）闰四月至五月间，吴宽年届七十，三次上疏请求致仕，都被孝宗慰留。七月十日（8月19日），吴宽在礼部尚书任上病逝。孝宗闻讯后，派官治丧，加祭二坛；追赠太子太保，谥号“文定”。葬于木渎西花园山。孝宗还破格封赠了他的两个儿子，授长子吴奭为中书舍人，补次子吴奂为国子生。

吴宽少壮时好学，于书无所不读，尤喜《左传》《汉书》以及唐宋大家的散文，最喜苏轼文章。他学有根底，号称“当时馆阁巨手”，诗文风格平和恬雅，沉着质朴，“有鸣鸾佩玉之风”，与茶陵诗派的代表人物李东阳齐名。其七言古诗《赋黄楼送李贞伯》最能体现他的风格。《明诗评》称赞吴宽诗“力扫浮靡，一归雅淡，诗如杨柳受风，煦然不冽；又如学究论天下事，亹亹竟日，本色自露”。清末陈田《明诗纪事》录其诗31首，按云：“匏翁诗体擅台阁之华，气含川泽之秀，冲情逸致，雅制清裁。是时西涯（李东阳）而外，当首屈一指。”

吴宽对吴中文风影响甚大。清初黄宗羲谓“成、弘之际，西涯（李东阳）雄长于北，匏翁、震泽（王鏊）发明于南，从之者多有师承”。后人评论道：“吴人数吴中往哲文章笔翰，必首瓠庵（吴宽）”，“吴中自吴宽、王鏊以文章领袖馆阁，一时名士沈周、祝允明辈，与并驰骋，文风极盛”。

吴宽博学善书，擅长楷、行、草书，并喜用狂草体，能摆脱明代前期学仿赵体的局面。他对宋代苏轼非常推崇，多师承苏轼的笔意，“端庄淳朴，凝重厚实”，一反当时吴中盛行的纤巧妍美的书风。因此，书法家邢侗在《来禽馆帖》中曾说：“匏翁吴中前辈，行谊擅绝，不直文翰之工尔也。书法法苏学士，浓颜厚面，祛去吴习。”吴宽学习苏书，心摹手追，神形兼善，更可贵的是其笔法能出新意。因此，王鏊说他“作书姿润时出奇倔，虽规模于苏而多自得。”这是他能高于同时代一般书法家之所在。时代稍晚于吴宽的黄省曾说：“至今吴人善书，章草称宋克，能品称徐有贞、李应祯、吴宽。”都穆说其“书翰之妙，识者以为不减大苏（苏轼）”。顾璘则说：“文定临怀素《自叙帖》，用笔结体谲诳恍惚，几不可为像矣。”吴宽的书法，影响了稍后步入书坛的书法家祝允明、文征明等人，在吴门书派形成的过程中，起到奠基作用。

吴宽的传世书迹较多，如《种竹诗卷》《题赵孟頫重江迭嶂图诗》等都是精品。

吴宽还是一位有名的藏书家。《静志居诗话》说：“是时吴中藏书家多以秘册相尚，若朱性甫（朱存理）、吴原博（吴宽）、阎秀卿、都玄敬（都穆）辈皆手自钞录。匏庵遗书流传者悉公（吴宽）手录（亲手抄录），以私印记之，前辈风流，不可及也。”吴宽手钞的卷帙，自署“吏部东厢书”字样，都为其晚年手笔，非常珍贵。其钞本用红印格，版心有“丛书堂”三字。吴宽撰有《丛书堂书目》一卷，今存于北京图书馆。叶昌炽《藏书纪事诗》说：“吏部东厢（吴宽）晚年笔，后来一字一琅歼。纵横深得髯苏意，郁律蛟螭涧底蟠”，称赞他的书法绝似苏轼，精采奕奕，故他的藏书弥足珍贵。藏书室名有“丛书堂”“匏庵”。藏书印有“古太史氏”“双井村人”等。

张汝弼：“天下亦有如此贡生也哉！”

徐有贞：“馆阁器也。”

李东阳：“场屋中有此人不可不收。”

谢迁：“吴公科第、年齿、闻望皆先于迁，迁实自愧，岂有私于吴公耶。”

朱祐樘：

王鏊：

刘健：“宽行履高洁，志操纯正。权势荣利，所在退避若懦夫。然于书无所不读，为文醇古有法，诗浑厚沉著，尤严体裁。书规模苏文忠公。平生重伦理，笃恩义，所行多有足范俗敦化者。位虽通显，而未究其用。卒之日，士大夫无不赍咨叹惋云。”

唐枢：“行履端洁，识趣高迈。居官务简慎，不欲涉。据要津，虽优召屡留，而引退不置。不为慷慨激烈之行，而能以正自持，有不可卒未尝碌碌苟随，言词雅淳，文翰精妙。尝上疏劝东宫出讲，及议葬祀慈懿礼，侃侃便殿之对，其事才益不乏也。”

项笃寿：“吴文定忠信端厚，得之天性。及读其文，纡徐雅驯，出入欧苏间，成一家言。信有德有言者矣。”

王世贞：

屠隆：“商文毅辂（商辂）、彭文宪时（彭时）、刘文靖健（刘健）、谢文正迁（谢迁）、杨文懿守陈（杨守陈）、王文恪鏊（王鏊）、吴文定宽风骨峻整，德器渊涵，才不露锋颖，功不计岁月，外示凝然，中怀凛然。招之不来，麾之不去，有古大臣之风焉。所谓‘桃李不言，下自成蹊’矣。”

焦竑：

郭良翰：“勤学好问，纯行不爽。”

何乔远：“谢铎、吴宽、储巏、黄孔昭、罗玘，皆敦行之儒，文章亦着。”

钱谦益：“先生经明行修，颀然长德，学有根柢，言无枝叶。最好苏学，字亦酷似长公。而其诗深厚浓郁，自成一家。少壮好学，老而弥笃。所藏书多手钞，有自署吏部东厢书者，盖六十以后笔也。服官禁近三十余年，前后奉讳家居，不满六载。风流弘长，沾丐闾里，迄于今未艾。吴人屈指先哲名贤，缙绅首称匏翁，布衣首推白石翁，其他或少次矣。”

林时对：“夫以刘伯温之瑰奇、宋景濂之温醇、解大绅之豪爽、曾子棨之英迈、高季迪启之超脱、李宾之东阳之浩瀚、王守溪鏊之简严、王敬夫九思之高迈、崔仲凫铣之修洁、吴匏庵宽之纯粹、丘仲深浚之博雅、程篁墩敏政之典核、杨用修慎之奥衍、王槐野维桢之简练、康德涵海之雄骏、廖鸣吾道南之富有，此权自在，要之化境尚隔一间耳。”

张廷玉：“周洪谟（及吴宽）等以词臣历卿贰。或职事拳拳，或侃侃建白，进讲以启沃为心，守官以献替自效。于文学侍从之选，均无愧诸。”

顾沅：“读书明道，引经定礼。出言有章，之纲之纪。”

吴宽操行高洁，不受外界的评价所干扰，对自身严格要求。他对于书籍涉猎广泛，善诗能书。他有几顷田，曾用以救济亲友中的贫困者。友人贺恩患病后，吴宽将他接到家里照顾，日夜探视。贺恩病逝后，吴宽为他服丧达一月之久。

弘治十二年（1499年），吏部尚书屠滽、户部尚书周经、御史佀钟三人同值六十寿辰，吴宽与闵珪、屠滽、周经、王继、佀钟、秦民悦、许进、李孟旸、顾佐诸僚共聚周经宅院置酒庆贺，由画家吕纪、吕文英二人绘《竹园寿集图》以记其事。

弘治十六年（1503年），吴宽与礼部侍郎李杰、南京都察院左佥都御史陈璚、吏部侍郎王鏊及太仆寺卿吴洪共五位苏州籍高官在北京进行雅集活动，亲自撰写了《五同会序》。“五同”指其“同时也，同乡也，同朝也，而又同志也，同道也，因名之曰五同会，亦曰同会者五人耳”。由丁姓画师为五人绘像，称《五同会图》。画面中，吴宽年纪最长，与李杰坐于罗汉床上，合手而坐，弓背，鬓发斑白。这是吴宽等五人的最后一次聚会，到弘治十七年（1504年），吴宽便病逝了。

吴宽曾参与编修《明宪宗实录》，并充任《大明会典》《历代通鉴纂要》副总裁。

吴宽诗文本集称《匏翁家藏集》，原为70卷（诗30卷1400余首，文40卷700余篇），均为吴宽亲手编订，由李东阳作序。现存正德三年（1508年）长洲吴氏家刊本《匏翁家藏集》77卷附录1卷，后7卷及附录所录其记、序、碑文6篇及徐源后序则为其子吴奭增益。其稿本《吴文定公诗稿》不分卷，亦存世。文渊阁《四库全书》据正德刊本收录《匏翁家藏集》77卷。《明别集版本志》另有《吴文定公诗稿》不分卷，稿本，藏中国国家图书馆。另外，明抄《国朝典故》等收录吴宽《皇明平吴录》3卷。清朱彝尊《明诗综》录其诗13首。清末陈田《明诗纪事》录其诗31首。

吴宽故居在今江苏省苏州市区乐桥西尚书里，其巷因吴宽得名。后园亭废坏，又遭兵燹。清同治年间浙江宁绍台道顾文彬购得其址，筑为怡园。吴宽做礼部尚书时，曾为父亲吴孟融在苏州葑门内天赐庄建筑一座东庄，面积甚大，有“振衣台”“折桂桥”“竹田”“续古堂”“拙修庵”“耕息轩”“知乐亭”诸胜，还有稻畦、桑园、果园与菜圃（今苏州大学南半部一带）。吴宽好友、著名画家沈周曾写真画《东庄图册》以记其景。

苏州天赐庄折桂桥东有“吴文定公祠”，内有十景之胜，广袤六十亩。清人彭定求等重修，咸丰年间毁于兵燹。苏州鱼行桥北有为他立的“状元坊”；鱼行桥尚书里口有他的“尚书坊”。

吴宽墓位于吴县木渎花园山栲栳湾山麓（今属浙江省苏州市吴中区木渎镇）父亲墓旁，父子分两处葬，坐东南，向西北。建有“学士”“清峻”两牌坊。墓前有小河，俗称“状元浜”。吴中区横泾尧峰山景贤祠（旧资庆寺）祀吴宽，祠中堂绘有吴宽画像；配祀其学生文徵明。大学士申时行撰有《景贤祠记》。

《震泽集》卷22《资善大夫礼部尚书兼翰林院学士赠太子太保谥文定吴公神道碑》

《明实录》宪宗、孝宗朝部分

《国琛集·下卷》

《今献备遗》卷27

《国朝献徵录》卷18

《名山藏》卷69

《尧山堂外纪》卷88

《明史》卷184