1999年，吴尊友领衔在全国开展针具交换试点，显著减少注射风险；他还担任美沙酮试点国家工作组秘书处主任，全面负责技术工作。2001年，在吴尊友等国内首批艾防人员的努力下，国务院办公厅印发“中国遏制与防治艾滋病五年行动计划”，把“针对高危行为开展干预工作”写入条例。2003年，参与“非典”防治工作。2005年，吴尊友就任中疾控性病艾滋病预防控制中心主任。2006年6月，任民进宣武区工委主任；同年，进入加州大学洛杉矶分校“名人堂”。2017年4月，任中国疾病预防控制中心流行病学首席专家。

自2020年1月起，吴尊友参与中国新冠肺炎疫情防控的一线工作，运用专业知识研判疫情走向、为防疫相关决策提供科学依据；6月，提出请地方疾控部门再对冷库部分冷冻产品进行抽样复核检查，规避一次水产品污染可能引发的新冠肺炎疫情的风险；6月15日，吴尊友率专家组抵京开展病毒溯源和疫情研判；6月24日，吴尊友受访时给出初步结论：此轮疫情的传染源可能并非先前人们认为的野生动物，而是已污染的物品或人；10月，新疆发生两起严重疫情，吴尊友参与第二起疫情的溯源调查；11月份，吴尊友和团队最终确定，是由于天气转冷后货物携带的病毒发生传播；12月18日，入选《2020中国品牌人物500强》榜单第68位；12月31日，吴尊友参加首都科学讲堂特别节目——“2021科学跨年之夜”，分享心得。

2021年12月30日，吴尊友出席网易经济学家年会，并对新冠新毒株奥密克戎、春节防控政策等问题做了解答。2022年12月，当选中国民主促进会第十五届中央委员会委员、常务委员。2023年1月，当选为第十四届全国政协委员；3月4日，全国政协十四届一次会议在人民大会堂开幕，作为本届全国政协委员，吴尊友准备了关于加强公共卫生人才培养的提案。

2023年10月27日12时56分，吴尊友因胰腺癌在北京不幸去世，享年60岁，中国疾病预防控制中心讣告，尊重本人生前遗愿，丧事从简，不举行遗体告别仪式。

吴尊友在预防策略、阻断高危人群艾滋病传播的研究方面取得了突出成绩。现并报告单采浆献血员中出现艾滋病流行，提出应急措施建议，避免很多人因单采浆而感染艾滋病（Lancet 1995）。随后他在该人群开展流行病学研究证明这次暴发流行，科学描述该人群的流行特征（Health Policy and Planning 2001）。提出检测发现感染者作为艾滋病防治首要策略。艾滋病潜伏期长达8-10年，其传播流行静悄悄，早检查、早发现、早管理，就成为控制艾滋病流行的关键。他提出的检测发现感染者策略，已被广泛接受（Science 2006a；Science 2006b；Lancet 2007）。将科学引进高危人群行为干预，预防艾滋病在这些人群中传播以及向其他人群扩散。探索并形成适合中国国情针对卖淫妇女、吸毒人群、流动人口预防艾滋病的干预方法，并作为国家策略纳入《艾滋病防治条例》和控制艾滋病五年行动计划，在全国推广应用，取得较好效果（Lancet 2007；International Journal of Drug Policy 2007）。大规模推广成熟防治技术，减少新发感染和艾滋病危害。在2006年，使中国美沙酮门诊由不到60个增加到320个，治疗人数从不到5000人增加到4.6万人，抗病毒治疗由2万人增加到3万人。减少吸毒引发的社会犯罪和巨大资源浪费，延长艾滋病病人生命，对构建和谐社会起到重要的作用。

吴尊友发表学术论文450多篇，包括在《科学》《柳叶刀》等国际杂志发表SCI论文250多篇，论文他引198次，单篇他引最高33次，影响因子总计超150。主编中国艾滋病防治英文学术专著两本，撰写英文专著章节5章、中文专著章节29章，作为《International Journal of Epidemiology》《JAIDS》《AIDS》和《Bulletin of the World Health Organization》杂志客座编辑主编中国专辑4本，是《Oxford Textbook of Public Health》（此书誉为全球公共卫生“圣经”）第四、第五、第六版编写人。

吴尊友先后主持国家科技重大专项课题及美国国立卫生研究院课题等研究课题40多项。

吴尊友研究员将国际艾滋病防治工作理论与中国防治工作实践相结合，针对静脉吸毒人群、失足妇女、流动人口、男男同性性行为人群、艾滋病病毒感染者及其配偶和性病等艾滋病高危和重点人群开展大量的防治科学研究和现场实践工作。针对中国艾滋病流行初期吸毒人群感染率高的问题，积极稳妥地开展对静脉吸毒成瘾者的药物维持治疗工作，并有计划地实施清洁针具交换和安全套推广等其它有效干预措施，有效控制艾滋病在吸毒人群流行。做为课题负责人，他牵头负责的控制单阳家庭HIV传播国家科技重大专项课题研究发现，通过抗病毒治疗可减少66%的配偶间传播。该成果转化为国家防治策略，通过2011-2016年间对全国12万HIV单阳家庭实施该措施，夫妻间HIV传播率从2.61%下降到0.78%。他牵头负责的优化诊断与治疗结构性干预研究课题，简称“一站式服务研究”，使诊断到治疗时间从3个月缩短到约12天，新诊断感染者年病死率下降62%。该成果作为国家艾滋病防治策略之一。

2020年伊始，吴尊友就投入新冠肺炎疫情防控工作。作为中国疾控中心流行病学首席专家，科学研判全国及重点地区新冠疫情趋势。通过多种媒体及时宣传新冠疫情及防控知识，阐述新冠肺炎在流行和传播特征方面显著特点。对群众关心关切的问题，他及时给予权威回应，将科技界对新冠肺炎的认识及时通过科普方式传给民众，转化为人民抗疫力量。

吴尊友带领团队描述新冠肺炎临床疾病谱、流行病学特征，与“非典”和中东呼吸综合征比较，阐述新冠肺炎在流行和传播特征方面显著特点。追踪新冠肺炎临床疾病谱变化，发现无症状感染者有明显增加趋势，深入分析无症状感染者传染性、规模及其对防控策略影响。充分综合运用大数据分析技术、流行病学调查和基因测序比对等多种技术，发现海产品及外包装污染、冬季国际物流等，成为中国输入新冠病毒引发疫情的新方式。此外，还通过电视、电台、报纸等媒体，向广大群众大力宣传艾滋病和新冠肺炎等预防知识。

2022年3月25日，中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友表示，有研究对有关国家在2021年8月至10月与11月至2022年1月两个时间段的病死率和死亡率作了比较分析，奥密克戎毒株流行期间的病死率确实下降了，但同期因疫情造成的死亡总数等却高于德尔塔毒株流行的同期死亡数。可以说，奥密克戎毒株流行的危害依然是严重的，并不是人们想象的流感化。这也提示，新冠肺炎不是“大号流感”。

吴尊友介绍，“时空伴随”又叫“时空交集”，一般是指14天内，与新冠确诊患者在同一个时间和空间网格内，共同停留过一段时间的人。比如感染者14天内到过某地，而某人在这14天的轨迹与他有过交集，就可能被认定为时空伴随者。筛查“时空伴随者”可以最大程度发现潜在感染人群，将更多存在“时空重合”而有可能感染的人群纳入到重点排查中，做到早期发现和防控关口前移。

2022年12月17日，吴尊友在参加第20届《财经》年会时，谈及2022年冬疫情形势时，吴尊友研判，2022年冬疫情可概括为“一峰三波”。从2022年12月中旬到2023年1月中旬将是第一波疫情，第一波以城市为主，逐渐会上升起来。第二波是2023年1月下旬到2月中旬，春节前的人员流动造成第二波疫情上升。第三波是2023年2月下旬到3月中旬，春节后返岗返工。这三波疫情构成了2022年冬的新冠流行峰，持续约三个月时间。他强调，要守住“疫情要防控”这道底线，重点保护好脆弱人群。同时，他建议，民众在做好日常防护的同时，要尽快接种新冠疫苗加强针。面对不实信息时，要做到不造谣、不传谣、不信谣。

2023年4月13日，在“信心与繁荣——2023新京智库春季峰会”主题论坛“提升医疗卫生品质，更好保障生命健康”上，吴尊友表示，从世界卫生组织网站公布的全球疫情数据来看，新冠全球大流行已经趋于结束，“新冠的发病和死亡对人类的威胁已经不再那么严重”。

截至2021年11月，吴尊友指导已毕业博士19人、硕士69人，在读博士和硕士生10人，合作培养加利福尼亚大学洛杉矶分校毕业的中国博士16人，作为人才培养项目负责人，与UCLA和耶鲁大学合作培养赴美进修（一学年）中国访问学者114人，带教西部进修者64人，短期培训万余人次。还通过项目支持二级、三级培训的受训人员达3万多人。以中国艾滋病防治实践，为非洲及亚洲发展中国家培训卫生官员380多人。

工作之外，吴尊友坚持锻炼身体。比如酷爱打羽毛球，这是他每周定期完成的一项锻炼活动，哪怕是坐国际航班刚回到北京，他也不倒时差就到场地去打羽毛球。

2023年2月27日，艾防中心在京组织召开艾滋病丙肝防治高层专家研讨会，吴尊友参会。疫情期间，吴尊友确诊胰腺癌。他的社交账号最新一次更新是在半年前，当时正值流感季，吴尊友发文提醒大家如何合理佩戴口罩。

2023年11月，安徽医科大学设立吴尊友奖学金，3天内筹款近45万元，达目标额的89.79%。该奖学金旨在奖励公卫学院学生，传承吴尊友精神，培养优秀公卫人才，助力健康中国。

镜头前，他（吴尊友）普及疫情防控知识，回应群众关切；镜头外，他奋战在疫情防控和溯源一线，遍访武汉、北京、喀什、绥化……从事传染病防控30多年，吴尊友数次直面病毒和危险，只为当好百姓的健康“守门人”。吴尊友为中国艾滋病防治作出重大贡献。吴尊友及时宣传新冠肺炎疫情防控知识，将科技界对新冠肺炎的认识及时科普给民众，转化为人民的抗疫力量。（《团结报》 评）

吴尊友作为人民生命健康的忠诚卫士，将“人民至上、生命至上”视作崇高理念，用自己的努力和付出，认真守护人民群众的身体健康和生命安全。吴尊友研究员胸怀祖国、情系人民、兢兢业业、恪尽职守，以自己的实际行动为我们诠释了新时代科学家精神，践行了将科研论文写在人民健康上的初心和使命，为传染病防控工作者将科学研究和防治工作实践相互融合、相互促进、共同发展树立了榜样。他直面威胁人民生命安全的新冠肺炎和艾滋病等重大传染性疾病，以高度的责任心和使命感，深入一线开展科学研究和防治工作实践，为保障人民健康发挥了关键技术核心专家作用。他是新时代疾控人的楷模和典范，是疾控人的骄傲，更是我们学习的榜样！我们要学习他不懈拼搏的爱岗敬业精神、孜孜不倦的科学探索精神，不断提高业务本领，不断强化将科学理论知识与防治工作实践相结合的能力，做好艾滋病、丙肝和性病等传染病防控工作，为人民群众健康保驾护航，为健康中国战略贡献力量。（中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心人事党群办厉成梅 评）

吴尊友为中国禁毒和控制吸毒引发艾滋病问题作出了贡献。（国家禁毒办 评）

“他在21世纪初就成为中国艾滋病防控的关键人物，其后几乎从不缺席任何一场传染病防控战役。新冠疫情暴发两年多以来，他背负着重担，为决策层提供科学参考，为大众科普知识。新冠疫情让他的名字家喻户晓，但他期待着和疫情退出公众视线的那一天，彼时当是疫情散去，岁月静好。”（“中国慈善家2021年度人物”颁奖词）

吴尊友在上学时学习成绩算不上拔尖，但是他不管是生活还是学习都很执著。吴尊友也赶潮流，在20世纪80年代刚刚时兴的喇叭裤，就买了来穿。（大学室友安徽医科大学公共卫生学院副院长张承业 评）

吴尊友是好同志，真正的流行病学家，是一个学者，我们应该学习他带病工作的革命精神。（中国疾控中心原主任、中国科学院院士高福 评）

新冠疫情发生三年以来，因为随时都会有任务，吴尊友时刻都处于待命状态，除了高强度的工作，他内心也承受着压力。观众发现，经历三年疫情，吴尊友的样貌悄然发生着改变，头发从黑变白，身体变得日渐消瘦。吴尊友回应：“应该说很多人付出比我多，他们在一线工作，有些人还付出了生命的代价，所以我的这些投入真的算不了什么，很多人头发比我白得多，我只是通过媒体的宣传，好像感受到我的工作经历。实际上更多人承受比我的压力更大，他们比我更辛苦，而且付出得更多，贡献得更多。”

新冠肺炎疫情期间，吴尊友兼职做起博主。他向公众传递一些关于新冠疫情的防控信息，让大家能够理解，也能够采取适当的防疫措施，减少感染风险。此外，也能更理解国家政策。

2020年6月24日，吴尊友前往位于朝阳区的一处隔离点做流调，访问了三个刚出院到隔离点康复观察的病例，每个病例都需要访谈约一个小时。吴尊友详细询问这三个病例的相关信息，比如卖什么货物，进货的渠道是什么，进货渠道有无变更过，甚至问他们平常在里面坐哪部电梯等问题。

2022年3月19日，国务院联防联控机制发布会上，吴尊友介绍疫情防控新技术，包括大数据的应用梳理传播链和全员核酸检测。强调核酸检测需及时、快速、全面，最好是1至3天内完成一轮，3至4轮可达社会层面病例清零，防止遗漏；3月25日，吴尊友表示，针对中国当前的疫情形势，力争在短时间内做到动态清零，依然是最经济、最有效的新冠防控策略；4月1日，吴尊友表示，中国能够实现“动态清零”的目标，也必须坚持动态清零；5月19日，针对不停地从管控人员和社会层面查出感染者的情况，吴尊友提出感染者“间隙性排毒”的说法。针对此观点，多位病毒专家认为没有科学依据。