2001年时，沉重的工作精神压力，导致崔永元已经从睡眠障碍发展到严重的精神抑郁症，而过多服用镇静类药物后，他的身体已经产生了抗体。

2002年，崔永元出书《不过如此》，成为畅销书目。2002年崔永元突然离开《实话实说》，之后人们才知道原因是他得了重度抑郁症。走出抑郁症阴影的崔永元曾在接受央视《人物》栏目专访时，自曝得重度抑郁症时，每天都在想着自杀。

2003年7月，崔永元开始主持新节目《小崔说事》。2004年4月3日，崔永元积数年心血创制的新栏目《电影传奇》开播，内容涉及150部老电影。崔永元在节目中既是主持人，又是主要演员，既讲故事又演故事，同时又监制推出了老电影歌曲联唱专辑《宁死不屈》。

2006年，崔永元的病症得到缓解康复。

2010年，担任纪录片《我的抗战》总策划。

2011年9月27日，“崔永元·新锐导演计划”在京启动，贾樟柯、张猛等导演也到场助阵。

2012年4月14日，崔永元主持的第一期《谢天谢地，你来啦》开播。9月28日，崔永元和周立波主持的《小崔说立波秀》在中央电视台财经频道播出从9月28日开始每晚21:20在CCTV-2十日连播。

2013年9月19日，崔永元录制《谢天谢地，你来啦》，这是他在央视的最后一场节目录制，已向央视递交辞呈的他给现场观众三鞠躬，去意已决，10月20日崔永元彻底办完离职手续，成立“崔永元工作室”，建立自己的团队，打造颇具个人风格的节目，挂靠中国国际电视总公司，晚9时，从美国归来的崔永元举行媒体说明会，就公众普遍关心的“离职央视”、“赴美调查转基因产品”、“与方舟子的微博斗争”等问题回答了在场多家媒体的提问。他此次自费50万前往日本、美国等地调查转基因产品的安全问题，并准备将拍摄的素材和获得的资料制成纪录片发布。2013年10月22日晚，在微博中透露自己已经到达美国，调查转基因之旅，就此开始。

2013年10月27日，崔永元已确认加盟河南卫视，与台湾漫画家蔡志忠、文化学者钱文忠一起担任《成语英雄》节目中的嘉宾。2013年11月21日，在河南卫视录制《成语英雄》，担任“成语先生”，透露自己将离开央视到中国传媒大学工作。

2013年12月16日凌晨、知名娱乐博主“长春国贸”在博客中爆料，崔永元已于12月6日正式从央视离职，工作关系已经调到了中国传媒大学，崔永元有望于2014年年初正式授课教学，12月17日，崔永元在其认证的微博上承认已正式离开央视，入职中国传媒大学任教（教授）。

2014年1月8日，方舟子发布长微博《关于全国政协委员崔永元造谣、毁谤的声明》，欲起诉崔永元，崔永元以“肘子终于决定告上法院了，太好了！就等这一天呢！咱们法院见！”表示接受起诉。

2014年7月25日晚，崔永元透露，自己有意加盟《老男孩》的出品方儒意影业，转型做监制，为年轻导演铺路。

2014年10月28日晚，崔永元在微博上转发媒体报道，确认将主持东方卫视的一档“别具个人风格的新闻节目《东方风云汇》”。崔永元介绍，《东方风云汇》更像是一档“新闻解读”类型的节目，会有“自己的解读风格”，“做大家看得懂的新闻”。

2015年1月1日，崔永元新节目《东方眼》于东方卫视正式播出；2015年3月25日，由崔永元团队和东方卫视中心联合创制的中国首档社交类谈话节目《东方眼》停播。

成立于2012年的中国传媒大学崔永元口述历史研究中心，2015年12月13日起正式面向公众免费开放（需预约）。该研究中心以白天是博物馆，晚上是自习室的“朝馆夕室”的模式开放。同时，崔永元抛出了一则重磅消息——明年他将开始带研究生。他带研究生有个特点：所有的书都是我帮你们买，然后带你们周游世界。

2012年开始，崔永元多次主持民间艺人孙恒主持策划的打工春晚。

2017年5月22日，从“反转斗士”到“专职商人”，崔永元一只鸡卖300元。

2018年10月30日，崔永元编剧的电影《磊磊是冠军》确认同意拍摄。

父亲是部队军人，做政治工作的，父母对他的教育，印象最深的就是诚实，父母的一言一行都深刻影响着崔永元，父母的榜样，使崔永元养成了善待他人、坦诚处世的好性格，父母是对崔永元的一生最具有影响力的爱，他把这份爱比喻成父爱就像日出，那样光明磊落，真挚情深，母爱就像月亮，那样温柔无私，慈爱无边。

参考资料

公益活动

自2011年开始，计划每年一期，持续关注中西部乡村教师，并不断创新形式，包括与相关公益组织合作，科学、严格地筛选受训地区和乡村教师，摒弃“被需求”，尊重并切实满足乡村教师及孩子的客观需求，量身合理设置乡村教师培训计划，开阔视野与教育能力提高并重。同时，设置训后长期动态交互环节，调动社会力量，推动和监督训后乡村教师的教育改变，确保形成“授之于渔”的长效机制。

2012年6月12日，崔永元在个人微博怒斥湖南省教育厅，称其：“不努力、不作为、不要脸！”，　当天，崔永元参加以“乡村教师培训公益活动”为主题的微博访谈，访谈开始前，他在微博中写道：“崔永元公益基金第六期乡村教师培训八月培训100名湖南乡村教师。

2012年7月30日，崔永元在北京丰台区南宫宾馆请参加7·21京港澳高速公路救援的154名农民工吃饭，饭前默哀一分钟。韩红还特意赶来助阵，为农民工献歌两曲。

2013年12月，崔永元用自己的奖金资助普通人治病，发动同行帮助辽宁鞍山抗癌协会“临终关怀”行动。将拍摄《电影传奇》时得到的大量珍贵资料无偿捐给北京大学图书馆，帮助建立中国电影资料检索系统。

2013年1月26日下午，由打工者自编自导自演的“2013打工春晚”在团中央礼堂隆重举行，崔永元担纲主持。

2015年7月30日下午，崔永元现身华东师范大学参加“爱飞翔·乡村教师培训”2016年上海站开班仪式暨电影《我的诗篇》华东师范大学首映式，现场版“小崔说电影”中，导演秦晓宇、吴飞跃，影片中的工人诗人陈年喜、邬霞以及歌手孙恒一起接受了崔永元的现场访谈。

2016年11月4日，在苏州由中国连锁经营协会主办的2016中国全零售大会上，崔永元以中国传媒大学教授、著名主持人的身份，做了题为“打造消费者与商家的根本连接点”的分享。崔永元称，他已进入零售业，将在3个城市为3万会员提供非转基因商品。

2017年1月15日，崔永元继续主持由民间组织“工友之家”主创的打工春晚，迄今已举办六届。

潜藏在冷峻外表下犀利的批判，时常有不经意而来的经典妙语，缜密的思维和不动声色的引导，从容自信潇洒的风度。崔永元另外珍贵的一面，就是做个实实在在的人他的工作间里有着这样一副对联：说天说地莫若说真，话东话西不如话实。真实和坦诚地做人，是崔永元一贯遵循的准则。（腾讯网评）

2007年，崔永元在获得第五届“全国德艺双馨电视艺术工作者”，对于文艺工作者来说，能够获得文艺界最高殊荣的“德艺双馨”荣誉称号，这是毕生的追求，莫大的荣耀。可崔永元却视之为应该恪守的基本要求，这种对名利的淡薄，彰显了一位电视工作者的高尚艺德和无私境界。（新浪网评）

崔永元从参与并制作《午间半小时》，到策划并主持《实话实说》《小崔说事》《小崔会客》《电影传奇》、《我的长征》等，在以一个个突破、一档档精品节目带给中国广播、电视新气息的同时，也以自己饱含强烈社会责任感的职业精神，赢得社会大众的欢迎和喜爱。特别是他“学会倾听”、“先做人，后做主持人”、“公共电视应承担社会责任”等观点更深得观众的赞赏与好评。（《人物周刊》评）

作为一个成人，一个经济基础丰厚的成人，尤其是一个有了名气的成人的好处，便是可以纵容自己的嗜好。“崔永元爱小人书”已经是传遍大江南北的旧闻，因而从1997年连环画开始在中国复苏之时，崔永元便会得道多助地收到每一本国内新出版的连环画，包装自然都是一年比一年精美，可是“都特别差，一本好的都没有！”所以，他更用心地收集老版本了。（新浪网评）

崔永元是一个性情中人。（央视主持人朱迅评价）

2003年冯小刚导演的一部贺岁电影《手机》。因剧情露骨影射对崔永元造成了负面影响，对此崔永元感到出奇愤怒，于是一气之下，发表了一篇1万多字的长文，并且接受不少媒体采访，猛烈炮轰《手机》，痛斥冯小刚，由此崔永元和冯小刚二人结下了仇怨。

2010年8月9日央视新闻频道《面对面》栏目播出了冯小刚、徐帆夫妻的专访，畅谈拍摄《唐山大地震》的心路历程，冯小刚在接受主持人柴静的采访时透露，在电影《集结号》之后，他和崔永元已经和解，他还将自己最喜欢的一把导演椅送给了崔永元的电影博物馆。

炮轰朱军“见钱眼开”，原音再现：“崔永元还大揭主持人走穴赚钱的老底，你到演出经纪公司去看看，他们有这些人的名单，包括电话和价码”。对于有主持人辩驳参加的是公益活动，崔永元回敬：“其实是私下给钱，都这么干。”

崔永元的一句含混的描述，让朱军陷入难堪。在2010年11月9日崔永元在自己的微博向朱军正式道歉。

2010年12月19日下午，《艺术人生》十年庆典暨“温暖-2010”特别节目在京录制。对于五年前的“口误”，嘉宾崔永元在现场鞠躬向朱军道歉。

2011年3月，全国政协委员崔永元以美国洛杉矶手机费以9.9美元包年为例，在小组讨论会上炮轰国内手机资费“贵得离谱”。经过核实，小崔第一时间在微博致歉，承认误用数据。他诚恳地为自己的“信口开河”道歉，但称此举并非哗众取宠。

2012年8月13日，在其个人微博上，炮轰长春电影制片厂。崔永元的两条微博已被转发评论达5000余条，引起了网友的热议。

2012年6月11日，崔永元在个人微博怒斥湖南省教育厅，称其：“不努力、不作为、不要脸”。

2013年12月，崔永元和“打假大王”方舟子因转基因食品在网上发生论战，且争执持续升级。

2014年3月28日，崔永元两亿天价代言某品牌家具惹争议，崔永元接受媒体采访时表示，确实接了这么一个代言，自己已经把钱捐给了崔永元公益基金会。

2014年7月23日上午9时30分，海淀法院公开开庭审理原告（反诉被告）方是民（笔名方舟子）与被告（反诉原告）崔永元名誉权纠纷一案。双方均不同意调解，法院宣布休庭再审。事后，崔永元接受媒体采访，称自己不看重这次（庭审）的结果，同时透露自己就是为了跟方舟子打官司才离开央视的，如果不胜诉还会继续上诉。

2015年6月25日上午，方是民（笔名方舟子）诉被告（反诉原告）崔永元名誉侵权案在海淀法院开庭审理。9点34分，法庭当庭宣判，崔永元的微博言论不构成侵权。

法院认为，方是民、崔永元均为公众人物，享受了较多的公众关注及相关便利，对来自他人的负面评价也应负有一定的容忍义务。崔永元使用“骂战”等用语，虽然对方是民的社会评价有一定不利影响，但情节轻微，尚未达到侮辱、诽谤的严重程度，方是民作为公众人物应当适度容忍，故崔永元的上述微博用语未侵犯方是民的名誉权。

北京市海淀区法院一审判决崔永元删除法院认定的侵权微博、向方舟子赔礼道歉，赔偿方舟子精神损害抚慰金3万元及合理支出1万5千元。对崔永元的反诉，判决方舟子删除法院认定的侵权微博、向崔永元赔礼道歉，赔偿崔永元精神损害抚慰金2万5千元及合理支出2万元。随后，双方均提起上诉。

2015年6月25日下午，崔永元发了一条微博，首次回应判决结果，表示也将上诉。“海淀法院法官辛苦了，看了判决书我决定上诉，因为我认为法庭没有认定我称方是民是网络流氓和骗子是客观描述，是那么恰如其分，竟然特别准确，而且证据充足，不存在侵害名誉权一说”。

2015年9月17日上午，北京一中院组织双方当事人进行了证据交换，并确定将于2015年9月28日9时30分进行二审开庭审理。

2015年9月28日上午，北京一中院开庭审理了方舟子与崔永元名誉权纠纷上诉一案。最后，上诉双方均表示坚持上诉意见，不同意调解。本案未当庭宣判。

2015年12月25日上午，北京一中院对该案进行了公开宣判，驳回双方上诉，维持了一审判决。

2014年10月，有消息称崔永元离开央视后疯狂捞金，连接四档节目，也引发网友质疑，担心他能否胜任大学的教学工作。10月16日晚，他首次回应传闻，除了澄清只接了两档节目外，还自嘲说：“没有教师证，真不让教，所以就只能跑场挣钱。”

2014年11月7日，肖鹰批评赵本山的二人转是低俗秀，11月10日，崔永元对肖鹰的观点进行反驳，之后两人在微博上进行互相回击。

11月13日，肖鹰回应称与崔永元无过节。

2015年7月18日，演员袁立在微博做慈善帮助尘肺病人，崔永元转发微博力挺并称：“我要去大爱清尘做志愿者，我想看看尘肺病人怎么活……她真的去参加了，她走近那些挣扎在生死线上的兄弟姐妹，她为他们呼吁呐喊争取权益和捐款，有几个名星能做到？大赞袁立！”本是一件好事，却被一名实名为共青团陕西省商洛洛南县委书记的网友给予了“差评”。

7月19日凌晨2点，崔永元再次发微博指出：“既然你是官微，还是应该要点脸的，多少应该要一点。”并贴出这名“洛南县委书记”的相关微博截图。

2018年7月26日晚，崔永元晒出立案通知书，并表示“走法律程序效率很低，但也必须走。”通知书上显示，崔永元起诉黄毅清诽谤经过审查，符合法定受理条件，北京市海淀区人民法院决定立案审理。通知书上还要求，崔永元经两次依法传唤，无正当理由拒不到庭的，或未经许可中途退庭，按撤诉处理，如提交不了证据，也将驳回起诉。

纪录片备受争议的原因，是片中美国公众接受或反对转基因的理由显得很片面、不够科学。

如果拿出做科学论文的精神，小崔的调查确实有些问题。比如最明显的，有人说科学家通过发表特殊言论获利，政治干涉了科学研究。这些说法缺乏事实依据，充满了阴谋论的气息。作为资深媒体人的崔永元，肯定清楚这些言论不能作为反对转基因技术的证据。

2014年10月17日，美国学者马丁娜·纽威尔—麦格劳林在接受采访时表示，她发现她在崔永元转基因纪录片中的一些言论被“编辑”过，以及“被错误的翻译了”。她举例称，当时崔永元问，很多转基因产品是在美国生产的，但并不在美国消费，而是出口到了中国。但事实上，美国消费者也在食用这些产品，美国有一万亿的食用人次，还有十亿家畜食用转基因作物，目前并没有发现任何的问题。

马丁娜是加州大学戴维斯分校教授，在崔永元拍摄的转基因纪录片中多次出现过，，她指出，崔永元的纪录片中描述的老鼠食用转基因作物后形成肿瘤，也存在一定问题。马丁娜解释称，“其实这些大鼠自发地就会形成肿瘤，如果测试对象数量增加之后，肯定会有肿瘤的出现”。她表示，如果看到采访的文本，可能回答就不同了。

崔永元的纪录片中接受采访的加州大学戴维斯分校教授Martina Newell-McGloughlin指出，“我接受崔永元采访是在去年11月，当时交流了一个半小时，后来并没有看过他的纪录片。但根据看过该片的朋友反馈，我认为播出的内容经过了编辑，有些内容可能是错误的翻译，或是沟通语言有障碍。实际上，我认为转基因技术非常重要，并且从科学的角度有过严谨的评估，进行过安全和环境的测评才进入大规模的种植。”

崔永元在网络上公布了赴美国调查转基因接受情况的纪录片，引来关注无数。这种关注也引来诸多批评：崔永元的调查不够科学。

如果拿出做科学论文的精神，小崔的调查确实有些问题。比如最明显的，有人说科学家通过发表特殊言论获利，政治干涉了科学研究。这些说法缺乏事实依据，充满了阴谋论的气息。作为资深媒体人的崔永元，肯定清楚这些言论不能作为反对转基因技术的证据。但这些片断还是出现在了片子中，因为崔永元提供给公众的，不是一个普及现代农业技术的科普片，而是一个介绍美国对转基因技术和作物接受情况的纪录片。纪录片备受争议的原因，是片中美国公众接受或反对转基因的理由显得很片面、不够科学。也许有人会说，崔永元提供的确实是一个合格的纪录片，但这些不够科学的言论有可能引起公众对转基因的恐慌。

崔永元的美国转基因调查纪录片的立场被认为有失偏颇，引发了很大的争论。比如，彼时纪录片中采访对象的资格受到质疑，片中的部分实验和结论也被称为不严谨，同时带有倾向性，误导了读者。

一位植物分子生物学博士曾在2014年的一篇文章中分析称，“（崔永元）这部纪录片，从宣传上看是成功的，而从科学角度看则是失败的。在宣传上，神奇的个例、丰富的个人体验和对一些转基因支持者激烈的反击，让这部纪录片具有很强的煽动性。但其背后，无论从被采访者的构成、所表述的观点还是其论述的科学性上看，无不流露着被操纵和选择的痕迹。而从科学角度来看，一个好的调查，需要对采样和采访对象进行良好的设计，并对获得的数据进行科学分析。从全片来看，由于调查取样的偏向性，使得本片所得出的结论并不客观。”

在国内知名科普网站果壳网“2014十大科技谣言”中，崔永元的转基因纪录片因“相关性不代表因果性”而名列榜首。

“科学公园”撰文称，崔永元在这部所谓的纪录片中，植入了极多已被科学界反复辟谣的谣言和谬误。