崇祯四年（1631年）九月，陕西三边总督杨鹤为此被罢官入狱，洪承畴继任陕西三边总督。洪承畴改杨鹤的“边剿边抚（诱降）”为“全力清剿”、“以剿坚抚，先剿后抚”方针，集中兵力进攻陕西农民军。

崇祯五年（1632年）春，一股农民军由于顶不住官军的压力，向庆阳突围。洪承畴亲赴庆阳，指挥会战，与总兵曹文诏、贺虎臣一起围剿农民军。双方在西澳激战数十次，农民军损失惨重，首领可天飞被斩杀，部将白广恩投降。曹文诏又围剿农民军于耀州锥子山，农民军首领独行狼等后投降，洪承畴命令屠杀四百人，剩下的皆遣散。

崇祯六年（1633年）冬，农民军转进至明军力量薄弱的豫西楚北，以郧阳为中心，分部来往穿插于豫楚川陕之间，进行游击性质的流动作战。洪承畴为改变被动局面，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻，高迎祥义军接连败于确山、朱仙镇（今河南开封市西南）等地，被迫转入西部山区。明廷为改变“事权不一、相互观望”被动局面，改用“集中兵力，全面围剿”方针。

崇祯七年（1634年）十二月，崇祯帝撤掉围剿失败的陈奇瑜，洪承畴仍任三边总督，以功加太子太保、兵部尚书衔，总督河南、山西、陕西、湖广、四川五省军务，成为明廷镇压农民起义的主要军事统帅。当其调动官军入陕，重新组织围攻时，当时农民军聚集在陕西的有二十余万人，其中以闯王高迎祥，及其部属李自成的力量最为强大。洪承畴命总兵贺人龙、左光先出兵夹击，义军突围东走，转进灵宝、汜水（均在河南）。

崇祯八年（1635年）正月，洪承畴率主力出潼关，在河南信阳大会诸将，准备对起义军实行大规模的军事围剿。农民军见势不妙，分路奔还陕西，张献忠也劫掠凤翔，与高迎祥汇合，明朝副将艾万年、柳国镇战死。曹文诏由宁州剿匪，其参将曹变蛟败农民军于湫头镇，乘胜追击遇伏，洪承畴救援不及，曹文诏自杀。洪承畴统辖太广，难以兼顾，于是明廷以卢象升总理江北、河南、山陕、川湖军务，管理关外明军，而洪承畴专管关内兵。此时发生丙子之变，清军入塞，破昌平等16城，朱由检急调卢象升率军驰援，中原压力减轻。张献忠乘机复起，联合罗汝才等部20余万人，沿江东进，分散活动于蕲州、霍山一带。

崇祯十年（1637年），崇祯帝再命熊文灿为六省总理，增派禁军1200人，组织新的围剿。李自成进军四川，一度破城十余座，并攻克宁羌州，入七盘关，但在崇祯十一年（1638年）返陕时，在洮河一带遭洪承畴袭击，败走岷州。与此同时，张献忠在南阳亦为左良玉军击败，负伤退谷城。熊文灿遂改围剿为招抚。刘国能、张天琳、张献忠、罗汝才先后降明或就抚。李自成率残部活动于川陕边境山区。

崇祯十二年（1639年）十月，陕西最后一股“贼军”李自成部在流窜途中，被洪承畴令总兵马科、左光先领兵截击。李自成回师转东，洪承畴又令曹变蛟于潼关原设伏邀击，李自成大败，仅余18骑走入陕南商洛山中，农民起义陷入低潮。

崇祯十一年（1638年）九月，发生戊寅之变，清军两路南下，京师戒严。明廷不得不从西线把主帅洪承畴调来，与孙传庭率军入卫。洪承畴获准入京觐见崇祯帝。

崇祯十二年（1639年）正月，崇祯帝任命洪承畴为兵部尚书兼副都御史、总督蓟辽军务（蓟辽总督）。

崇祯十三年（1640年），皇太极确立了筑城义州并在此屯田以围困锦州的方针，并于三月付诸实施。四月，崇祯帝听说后，命洪承畴陈述应对之策，洪承畴认为”奴屯锦、义之间，将为持久之计”，故“今日筹辽非徒言守，必守而兼战，然后可以成其守；而战又非浪战，必正而出之以奇，然后可以守其战”，并拟部署吴三桂、刘肇基官兵一万分驻于松山、杏山之内，以他所部官兵一万五千四百出镇于前屯卫、中后所之间，以驻防蓟州官兵一万六干仍分布于中协四路、东协建（昌）、冷（口）、两协墙路之界．以山（海）、永（平）抚臣朱国栋驻山海关，以镇臣马科出中后所、前屯卫。兵部对此方略极表称赞，将洪承畴比作韩琦、范仲淹。在略微调整后，崇祯帝批准其方略，洪承畴遂于五月出山海关，与围困锦州的清军对峙，在多次出击中互有胜负。

崇祯十四年（1641年）正月，驻扎宁远的洪承畴前往前线松山一带巡视，发现兵力单薄，不足防御，便奏请调宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、山海关总兵马科、密云总兵唐通各率所部来援，加上其麾下本来就有的宁远总兵吴三桂、辽东总兵王廷臣、东协总兵曹变蛟、援剿总兵白广恩，共计八总兵。三月下旬，锦州外城陷落，形势岌岌可危。四月下旬，洪承畴挥军进至松山与杏山之间，再移军至松山城附近的石门，与围城的清兵遭遇。二十五日，双方展开激战，洪承畴击退清军。此后几个月，明军也屡次出击，取得小胜。洪承畴主张徐徐逼近锦州，步步立营，且战且守，勿轻浪战。但兵部尚书陈新甲促战，一面说服崇祯帝接受其主张，一面派亲信兵部职方郎中张若麒及马绍愉等到前线催促洪承畴进兵。崇祯帝本来倾向洪承畴，终于在七月改变态度，采取了陈新甲所主张的速战速决的方针。七月二十六日，洪承畴在宁远誓师，其麾下八总兵十三万人中，六万人由他亲自率领先行，其余后继。七月二十九日，洪承畴抵达集结地松山城。八月十四日，皇太极得知明援兵已到，便亲率十二万大军从盛京赶来，驻扎在松山、杏山之间，部署在明军的南面，洪承畴主张决一死战，而各部总兵官主张南撤，最后集议背山突围、。从二十一日到二十六日的决战中，明军大败，洪承畴及没有突围的两名总兵王廷臣、曹变蛟及辽东巡抚丘民仰等被困在松山城内。

崇祯十五年（1642年）正月，洪承畴听说朝廷援军赶到，又派6000人马出城夜袭，被清军击败。松山一直被围困了半年之久，城中粮食殆尽，松山副将夏成德暗通清军，愿拿儿子夏舒做人质约降。二月十八日夜，清军应邀夜攻。次日晨，松山城破，洪承畴等文武官员被俘，除了献城的夏成德及洪承畴、祖大乐两人外，其他明朝官员全部就地处决。洪承畴被俘后二十天，锦州守将祖大寿就走出锦州内城，率众出降。四月，塔山、杏山也相继落入清军之手，明军的关宁锦防线中的锦州防线不复存在。

洪承畴绝食数日，拒不肯降。皇太极派所有能动用的人前去劝降，均被大骂而回。皇太极仍不放弃，特命最受宠信的吏部尚书范文程前去劝降，看他是否果有宁死不屈的决心。范文程至，洪承畴则大肆咆哮，而范文程百般忍耐，不提招降之事，与他谈古论今，同时悄悄地察言观色。谈话之间，梁上落下来一块灰尘，掉在洪承畴的衣服上。洪承畴一面说话，一面“屡拂拭之”。范文程不动声色，告辞出来，回奏太宗：“承畴不死矣。承畴对敝袍犹爱惜若此，况其身耶？”皇太极接受了范文程、张存仁等的意见，对洪承畴备加关照，恩遇礼厚。隔日（五月四日），皇太极亲临太庙，洪承畴立而不跪。皇太极嘘寒问暖，见洪承畴衣服单薄，当即脱下自己身上貂裘，披在洪承畴的身上。五月初五日，洪承畴偕祖大寿等降将正式举行了投降仪式，在皇太极面前俯首称臣。

洪承畴被俘后，从锦州逃亡的人告诉吴三桂说清军把洪承畴押往锦州城北无极王（即郑亲王济尔哈朗）营盘内处死，并说“洪督师临砍时，只求速死”。崇祯帝接到吴三桂的塘报，在四月十二日下旨称赞“洪承畴节烈弥笃”，并指示“速与优旌，以慰幽忠”。洪承畴家仆陈应安等从乱军中逃回北京，也向朝廷报告洪承畴“殉难”始末，称洪承畴被俘后“骂贼不屈，惟西向叩头，称天王圣明，臣力已竭，死之。从来就义之正，未有如臣家主也”。崇祯帝震悼痛哭，下令设祭坛于朝天宫前，准备亲自前往祭奠。六月，崇祯帝下旨，对洪承畴赐祭九坛（一说十六坛），设立祠堂，议定谥号。他临轩垂泣，说：“我不曾救得承畴。”负责恤典的礼部侍郎王锡衮提醒道：“因关外诸逃将塘报游移，并无确据，其意恐以抗节之忠，形其偷生之丑，以惑兵部。臣两次行咨兵部，俱不回复。”后来崇祯帝听说洪承畴降清的消息，取消亲祭议谥，并将正阳门内关帝庙中供奉洪承畴牌位的祠堂改为供奉观音。直到明亡前夕，明廷仍未得知洪承畴确切消息。

洪承畴降清后，清太宗命隶镶黄旗的包衣牛录（1652年应洪承畴请求升入镶黄旗汉军）中，表面上对他恩礼有加，实际上并未放松对他的防范，使其在家，不得任意出入。终皇太极一朝，除咨询外，也没有任以官职。

顺治元年（1644年）四月初九日，洪承畴从睿亲王多尔衮率军10万大举南下攻明，十一日至辽河，得知大顺军已攻占北京、明思宗自缢，遂用洪承畴之谋，“出其不意，从蓟州、密云近京处，疾行而进”，直趋北京。清兵入关、定鼎北京后，顺治帝对洪承畴十分器重，以洪承畴仕明时的原职衔任命他为太子太保、兵部尚书兼都察院右都御史，入内院佐理军务，授秘书院大学士， 成为清朝首位汉人宰相。他见到南明的使者，“似有不安之色，含涕欲堕”。顺治二年（1645年）五月，多铎率师攻占南京，多尔衮下“剃发令”，激起江南人民的反抗。危难之中，多尔衮于闰六月派洪承畴取代多铎，任命为招抚南方总督军务大学士，敕赐便宜行事，但对于“禁止机密”之事须与平南大将军贝勒勒克德浑参酌施行。

顺治四年（1647年），洪承畴因父丧，回乡守制。顺治五年（1648年）四月奉召返京，再次入内院佐理机务。摄政王多尔衮对其慰劳备至，宠信有加，一连数日召见垂询各省应兴应革之事，所有建议，无不采纳。

顺治八年（1651年）闰二月，洪承畴兼管都察院左都御史事，甄别诸御史为六等，有的起升，有的外转或外调，有的降黜，得罪一批朝官。御史张宣等弹劾洪承畴与尚书陈之遴屡集议火神庙，密谋反叛，又未请旨私送其母回闽。洪承畴辩白：火神庙集议即为甄别御史差等，非有他故；送母未先请旨，自甘服罪。上谕：“以庙议事，不必悬揣；为亲甘罪，情有可原。着仍留任，以观后效。”顺治九年（1652年）五月，洪承畴母丧，奉旨私居持服，照常入值。

顺治十年（1653年），孙可望、李定国所率领的几十万农民起义军在云、贵归附明宗室桂王朱由榔，抗清出现新高潮。五月，已任内翰林弘文院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，佐理机务，兼任《清太宗文皇帝实录》总裁官的洪承畴，又被任命为“太保兼太子太师，经略湖广、广东、广西、云南、贵州五省，总督军务兼理粮饷”，“吏、兵二部不得掣肘，户部不得稽迟”，事后报闻。此时洪承畴已61岁，临行前，顺治帝设宴饯行，赐宝马、宝刀。顺治十二年（1655年）五月，孙可望攻岳州（今湖南岳阳），为洪承畴设伏所败，撤回贵州。洪承畴经略湖南时，驻于长沙黄兴北路又一村明代吉藩四将军府（今长沙市青少年宫），并建集思堂。署之东有真武宫，明吉藩建。清初，真武宫成为关押“反清复明”人士的监狱，著名学者陶汝鼐即下狱于此。后又因“洞庭举事”一案，株连湖湘名士300余人，会审真武宫。俟洪承畴到长沙，才平释此案。

顺治十四年（1657年），永历政权内部发生矛盾，孙可望在与李定国的内战中失败，穷蹙请降。顺治帝一面命洪承畴率所部相机进取，一面命平西大将军吴三桂自四川、征南将军卓布泰自广西分道进兵贵州。顺治十五年（1658年）二月，世祖又命信郡王多尼为安远靖寇大将军，统军南征。九月，清兵各路会师入云南。

顺治十六年（1659年）正月，清军攻陷昆明，云南平定。洪承畴上疏说，云南地方险远，少数民族众多，不易治理，要留兵驻镇，于是顺治以吴三桂为平西王，留驻昆明。他又看到云贵地区地瘠民苦，疏请发内帑赈济贫民，建议暂缓向逃亡缅甸的桂王余部进军，使战乱之后的云贵地区的社会秩序渐趋安定，生产开始恢复。八月，洪承畴因年老体衰、目疾加剧，请求回京；翌年正月，奉旨解任回京调理。

顺治十八年（1661年）正月，顺治帝驾崩，子玄烨（康熙）嗣位。这时洪承畴业已69岁，仍任大学士，却感孤独，于五月疏乞休致。朝廷几经争论，议政王大臣会议才授以三等阿达哈哈番（轻车都尉）世职，世袭四世。

康熙四年（1665年）二月十八日，洪承畴卒于京师私邸，享年七十三岁，清廷恩赐祭奠如制，谥文襄。

崇祯八年（1635年）初，义军于分三路分进：一部西返陕西，一部北进山西，一部东入凤阳，焚毁皇陵。洪承畴军三月间至河南时，义军已大部又集中于陕西。洪承畴匆匆回军关内。李自成在宁州、真宁两歼官军，破咸阳，逼西安。高迎祥、张献忠等乘官军被牵制于陕之机，三度进入河南。明廷认识到在义军流动作战情况下，全面围剿，势难成功，又改用分区负责，重点进攻的方针。八月，以卢象升为五省总督，专治中原；洪承畴专治西北，各自负责，相互协同。当年冬及九年春，高迎祥、张献忠在河南连续失败，兵力损失过半，残部再返陕西。此时，李自成在兴平等地亦多次失利。

明廷为加强陕西攻势，令孙传庭全力进攻汉中的高、张各部，令洪承畴专力进攻陕北的李自成等部。崇祯九年（1636年）七月，洪承畴率军在临潼大败农民军，起义军被围困在丛山之中长达三个月。高迎祥率部从陕西汉中突围，遭陕西巡抚孙传庭埋伏，在盩厔（今陕西周至）被洪承畴俘虏，并将其解京磔死。高迎祥余部走归李自成，起义军推戴李自成为闯王。

崇祯十二年（1639年）十月，李自成部在流窜途中被洪承畴截击。李自成大败走入陕南商洛山中，农民起义陷入低潮。

洪承畴治军有方，镇压农民起义连连胜利，其部下孙传庭俘杀高迎祥，并联合孙传庭又多次打败李自成，统治阶级内部颂声大起，称洪承畴的军队为“洪军”。在取得一定战果之后，洪承畴向崇祯皇帝上书请求留饷银20万两，一部分作军费，一部分赈济贫民。

顺治元年（1644年）清兵入关时，洪承畴向多尔衮建议：“我兵之强，流寇可一战而除，今宜先遣官宣布王令，示以此行特期于灭贼，不屠人民，不焚庐舍，不谅财物之意。仍布告各府县，开门归降，官则加升，军民秋毫无犯。若抗拒不服，城下之日，官吏悉诛，百姓仍予安全。有首倡内应者，破格封赏。此要务也。”多尔衮采纳他的建议，于山海关击败李自成的农民军后，向明朝官民发布出师告示，结果大军所过州县及沿边将吏皆开门款附，收到极大的政治效果。

清军占领江南后，洪承畴采取以抚为主、以剿为辅的策略，及一系列减轻百姓负担、刺激经济发展的措施，尽量避免过多的武装冲突和流血，为促使国家迅速统一和安定社会秩序起了积极作用。如招抚、 举荐大批明朝降官，请求清政府蠲免钱粮、停征漕运税等，缓和满汉之间的民族矛盾和阶级矛盾，促进形成安定局面。他以“原官、司留任，不念旧故”为条件，用和平方式招抚宁国、徽州（今安徽黄山）、九江、南昌、袁州（今江西宜春）、南康、吉安、广信等十三府，使这些地方免遭兵火洗劫。

当然，洪承畴受命招抚江南，也镇压屠杀许多江南抗清义军，斩杀了拥护明王室内的义士，如左佥都御史金声、大学士黄道周、明宗室长乐王朱谊石、瑞安王朱谊防、金华王朱由产、高安王朱常淇、瑞昌王朱谊贵等人领导的抗清武装。洪承畴遭到抗清人士的一致唾骂和谴责，金声、黄道周被俘时都痛斥他无耻变节，连他的母亲和亲弟弟洪承畯也面责他不忠。

洪承畴建议清延采纳许多明朝的典章制度，完善清王朝的国家机器，献计甚多，大多被顺治采纳，加以推行。如恢复明代的内阁票拟制度，以便大学士对用人行政等要务能有所指陈，六科也可以据以摘参，从而达到杜渐防微的目的。他还建议九卿科道会推督抚提镇官员实行保举连坐法，慎重用人行政。

为了巩固清政府的统治，洪承畴建议统治集团也须“习汉文，晓汉语”，了解汉人礼俗，倡导儒家学说，逐渐淡化满汉之间的畛域。顺治帝和洪承畴的一则对话：“上曰：‘朕试人之法，倍难宰（ 相 ）、（ 督 ） 抚 ，何术方不受欺 ？ ’对曰：‘敷奏以言，明试以功。’立论最为宏通，可以为法。上曰：‘ 如此看来，岂《虞书》还是不可不熟读。’对曰：‘岂《虞书》而已哉 ! 五经皆治天下之大宝也。’”

顺治八年（1651年），五世达赖决定进京会见顺治帝，洪承畴站在儒家立场，上书谏迎达赖，后又以天象示警为由，反对皇帝亲迎，顺治帝接受其建议，没有亲迎达赖，而是派和硕承泽亲王硕塞代为迎接。

此外，他还举荐许多明朝官吏，倡兴北方水利，对当时政局的安定，经济文化的发展，都起了重大的积极作用。

洪承畴于明朝崇祯年间，曾辑有《古今平定略》12册。后人又辑有《洪承畴章奏文册汇辑》及《经略纪要》24卷。

在文学创作方面，洪承畴留下了一些散文，如为鄂貌图《北海集》作序、为崇祯本的《南安县志》作序、为京师关帝庙作《重建关帝庙碑记》等。洪承畴不喜作诗，他留下的唯一诗篇是顺治十年（1653年）南下湖广时所作的一首五绝《督师》，内容是：“横秋看剑气，跃马渡金波。坐策连云骑，亲挥指干戈。”

洪承畴的母亲傅氏读过书，知书达理，教子极严。承畴从小在母亲的教导下，攻读诗书。他聪明好学，七岁在本村的溪溢馆受启蒙教育。

据说，八岁那年，洪承畴外公傅员外去世，母亲带他前去送殡。主持丧事的人问他们有无祭文，母亲摇头，他却张口说有。进入灵堂，他向外公灵位恭敬地跪拜行礼之后，就振振有词地念道：神风呼请上大人，子孙跪拜孔乙己，金银纸钱化三千，猪头礼品乃小生。这个祭词是套用《三字经》的句子，无惊人之处，但作为八岁的孩子，能顺口成章，足见其思绪的敏捷。洪承畴的这一举动，立即得到在场亲友的称赞。

洪承畴童年时代家境不好，据说到了十一岁，就辍学回家，帮助母亲做豆腐干。每日清晨，还由他走村串户去卖豆腐干。有一天，洪承畴去那里卖豆腐干，几个学生围拢来，每人买了一块，洪承畴要他们多买一块，学生们愁眉苦脸地说，对子还没对出来，不敢多耽搁。洪承畴就答应帮他们对对子，但每人必须多买一块豆腐干。

一天，洪先生拉着一个学生让他当场对对子，这个学生对不出来。只好承认是个卖豆腐干的小孩帮他对的。洪启胤立即让学生把洪承畴叫来，见这孩子样子很聪明，了解到是因家境不好不能继续念书，就想试试他的才思，于是出了一副对子的上联，让洪承畴对。洪启胤指着桌上的砚台说：砚台长长，能赋诗文百篇。洪承畴看着自己卖剩的豆腐干很快答道：豆腐方方，犹似玉印一章。洪启胤听了很高兴，就又出了一副对子的上联：白豆腐，豆腐白，做人清正博学学李白。洪承畴明白，先生既倒过来以豆腐为题，他就也应以砚台做答，于是就随口读出：黑砚台，砚台黑，为官铁骨叮当当包黑。先生听了觉得这孩子不仅有天分，而且抱负不凡，就去找洪承畴的母亲，劝她送孩子上学，并答应不收学费。傅氏自然高兴，洪承畴就这样又进了学馆，很为洪启胤器重，成为他的得意门生。

民间广泛流传是庄妃劝降了洪承畴，这个版本的经过大致是这样的：洪承畴一动不动地躺在光板床上，忍受着饥渴的煎熬，只求速死。庄妃说：“听说洪将军有年过花甲的老母，你若走了，谁来孝敬她？听说洪将军闺房中有结发的妻子，偏房中有娇美的爱妾，你舍得让她们独守空闺吗？ ”洪承畴听后酸楚万分，一言不发。庄妃觉得时机来临，连忙从带来的竹篮中取出玉壶，两只酒盅，倒满人参汤说：“洪将军已决心一死，我不敢让洪将军坏了名节，这是送行酒，请将军饮下。”洪承畴沉默良久，一口喝了下去，谁知“酒”刚一入口洪承畴便觉出这不是酒是人参汤。庄妃又说：“洪将军已数日未进饮食，身子虚弱，再多饮几杯吧！”说着双手按住洪承畴的双肩，洪承畴紧紧握住了庄妃的手。庄妃故意娇滴滴地说：“洪将军还有什么话吗？ ”庄妃的所言所行，唤起了洪承畴对女人的思念，对生的留恋，他决心不再去死。

洪承畴降清后，不仅立了许多战功，还给皇太极出了不少点子，从而加速了明朝的灭亡。顺治进关后，在北京登上了金銮殿，大赏文武百官。在汉族官员中，洪承畴是功劳最大的一个，所以封他为当朝一品。

清军进关后的第一个春节，北京城里鞭炮整整放了一夜。大年初一一大早，洪承畴和妻妾们睡得正香，忽然守门的护军闯进了卧堂，手里拿着一副墨迹未干的对联，交给了他。洪承畴接过对联一看，脸登时涨得像个紫茄子，他问:“这对联是从哪里来的？”护军说:“今晨刚敲过五更，我到门外巡视，看见府门口的对联上又有人在贴对联，我就大喊一声追了过去，那人看见我，顾不得贴好就逃走了。”洪承畴为什么气成这样？原来那副对联写的是:“忠义孝悌礼仪廉；一二三四五六七”。上联缺“耻”，下联忘“八”。这分明是骂洪承畴是无耻的王八，他能不生气吗？

1647年（顺治四年），洪承畴从江南总督任上奉召回京后，派人奉迎老母北上，说是要好好尽一番孝思。及至奉派迎接的人到达福建南安，洪母居然束装就道，一副真准备去接受儿子奉养的架势。乡里乡亲，无不诧异：以洪母之为人，何以会一改素节？哪知洪老太太到京一下车，看见跪迎的儿子，抡起枣木拐杖就打，口中骂道：“你这个不忠不孝的畜生！我七十多岁了，你教我到旗下来当老妈子？我打死你，替天下人除害。”洪承畴成为镶黄旗汉军，按清朝定制，旗下命妇须轮番入侍太后。洪老太太千里迢迢征程，不辞跋涉，也要为中原百姓出一口恶气，其民族气节备受后人赞誉，洪母骂子也成为传统忠义教育中典型的事例。

洪承畴的墓地在北京海淀区车道沟。文物部门曾进行过挖掘；“文革”期间墓地被破坏殆尽，但仍残留有石碑、龟趺、石人等雕塑，古木也很多；现仅存一对石狮子。

洪承畴是一位比较复杂的历史人物，历来对他的评价褒贬不一。他是明朝重臣，松山之败后降清，沦为贰臣。若为中国古代忠君思想标定，确非忠臣。

作为投降清朝、为清朝充当马前卒的前明大学士，洪承畴在南方关系盘根错节，声望犹存，应该是招抚东南的理想人选。不想，江南人士根本不承认洪承畴的存在。他们更希望“洪承畴”已经死了，是一个停留在史册上的光辉名字。人们习惯于用“忠与奸”、“好与坏”的两极化标准来评价历史人物。在这种标准下，历史人物要么是忠臣要么就是奸贼，要么是忠君要么就是卖国。洪承畴曾为感激崇祯皇帝的宠信，写了副对联帖在厅堂上：“君恩深似海，臣节重如山。”他降清后，有人将这副对联各加一字：“君恩深似海矣，臣节重如山乎？”

实际上，洪承畴的最后岁月，笼罩在屈辱和尴尬之中。他入清后曾回乡省亲，在泉州建造府第。洪府落成后，没有一个亲友、故旧上门。就是洪承畴的母亲和弟弟都拒绝入住。弟弟痛感国家灭亡、兄长投敌、发誓“头不戴清朝天，脚不踏清朝地”，携母亲避居船上，泛江隐居。顺治十六年（1659年），心力交瘁的洪承畴年老体衰、目疾加剧，第二年正月解任回京。

最尴尬的是，洪承畴既受到明朝遗民的强烈排斥，也没有真正被清朝接受。入关之初，洪承畴建议满族权贵汉化，学习儒家礼仪。而汉化的满族人接受了儒家的伦理纲常，也认为洪承畴名节有亏、不忠不孝。洪承畴镇抚南方凯旋京城，如何安置他就成了朝廷的一大难题。没有预想中的封赏，也没有帖心的安抚，朝野用怪怪的目光注视着年迈的洪承畴走回朝堂。

洪承畴在清朝经历了皇太极、多尔衮、顺治和康熙四个时期。皇太极只是将洪承畴作为顾问而已，并未真正重用；多尔衮和顺治两人重用洪承畴，但没让他进入决策层。顺治十八年（1661年），顺治皇帝驾崩，其子康熙继位。四大满族大臣分割了辅政大权。而洪承畴已到古稀之年，顶着大学士的空头衔，备受冷落，不得不奏请退休。像洪承畴这样重要的人物退休，朝廷必须对他的功劳有所酬谢。经过几番讨论，康熙皇帝授予洪承畴微不足道的三等轻车都尉世袭职衔。洪承畴牺牲名节、效力20年、几经大战引导清朝坐稳江山，只换来了小小的轻车都尉，又给谴责他的人提供了挖苦讽刺的新内容。

康熙四年（1665年），洪承畴去世，此时，洪承畴在清朝官方文献中的地位起码还是正面的。到了乾隆时期，满族权贵已经完全汉化了，各地汉人的反清情绪渐渐平息，满汉思想文化开始交融。乾隆皇帝以儒家圣贤后裔和华夏共主自居，与汉族文人相唱和，开始褒扬史可法、黄道周等忠君爱国的榜样。洪承畴“叛明”的污点开始掩盖“效清”的功绩，形象颠倒过来。清朝将洪承畴列入《贰臣传》，只是念其功大，才将其列为贰臣甲等。

明朝忠臣的产生，正如黄宗羲所说，最大冲动产生于东林党运动的道德和精神英雄主义。但是同时，东林党运动也引发激烈党争，一直持续到南明也没有停止，导致了福王的南京朝廷和桂王的追随者的分裂。朋党蔑视“汉奸”，鄙夷这样的叛国行为。但清初之后的相对稳定，国家得到了发展，老百姓得到了安定，清政权越来越稳固。

明末思想家迷茫于这种现象，在反省明亡的同时，也做出了思考。比如顾炎武就努力想将个人为王朝效力和为保存文明所区别开来。在《日知录·论正始风俗》中，顾炎武写道：“有亡国，有亡天下。亡国与亡天下奚辨？曰：‘易姓改号，谓之亡国。仁义充塞，而至于率兽食人，人将相食，谓之亡天下。’是故知保天下，然后知保其国。保国者，其君其臣肉食者谋之。保天下者，匹夫之贱与有责焉耳矣”。顾炎武认为，如果清政府能延续中国的文明，比如华夏衣冠、自由言论学术、西学东渐、儒学、礼仪，那就应该得到老百姓的拥护，为明朝政府尽忠的事应该只是“其君其臣肉食者谋之”。