体细长，前部近圆筒状，后部侧扁。头呈钝锥状，平扁。吻部尖而平扁。眼较小，埋于皮下。眼间距宽平。鼻孔每侧两个，前鼻孔具短管，位于吻端侧方；后鼻孔呈裂缝状，接近眼的前方。口大而阔，口角达于眼的后缘。下颌稍长于上颌。唇厚。两颌及犁骨上均具3行小齿，呈带状排列，中间一行较大。无小须。鳃孔位于胸鳍基部的前方。肛门位于臀鳍前方。

鳞细小，埋于皮下，呈席状排列。侧线发达，体上多黏液体。背鳍、臀鳍和尾鳍相连。背鳍起点距臀鳍起点较鳃孔为近。臀鳍起点紧位于肛门的后方。胸鳍圆形。无腹鳍。

体上部灰黑色，体侧上缘微绿色，体下白色。

于典型的两侧洄游性鱼类，因其入海产卵的生态习性，又可进一布细分为降河性洄游鱼类（Catadromonsfishes），日本鳗的生活史涵盖溪流与海洋。每年秋季时，成熟的日本鳗从河川降海后，最终来到菲律宾东部外海的马里亚纳群岛海域深海产卵，母鱼产完卵后便死亡。卵孵化之后成长为外型与柳叶相似的柳叶鳗（leptocephalus）以利随着黑潮海流长距离漂送，随着漂流时间加长，到了东北亚的中国台湾地区、中国大陆、韩国以及日本的大陆棚时，逐渐成长为体型呈流线型的玻璃鳗（glasseel），具备较佳的游泳能力，随后脱离黑潮进入东北亚地区的沿岸水域，等待上溯至河川，幼鳗来到河口域时身上出现色素，成长为鳗线（elver）。鳗线最后进入河川栖息，逐渐成长至黄鳗（yellow eel），经过4、5年之后，长成为银鳗（silvereel），成熟的银鳗最后降海，返回马里亚纳群岛深海域产卵，完成其生活史。日本鳗终其一生大多数时间生存于溪流之中，在溪流中行底栖生活，偏好栖息于泥沙底质的缓水域砾石堆或石缝中。与溪流中较常见的鲈鳗不同，日本鳗在溪流中主要栖息在中、下游以及河口河段。成鱼为肉食性，以小型鱼类、甲壳类等水生动物为主食。亚洲国家包括台湾之日本鳗均来自同一产卵场，即Mariana岛以西之北赤道洋流区（15°N～140°E），卵孵化为柳叶幼生（leptocephali）后，展开南北漂流2000公里，约百余日后变态为鳗线（elver），顺黑潮海流北上，历经30-50天游至菲律宾、中国台湾地区、中国大陆及日本东岸之河口溯河而上。