平生致力于珍本古籍的收藏，所藏多秘籍，以清廷禁毁书为多，藏书处有“风雨楼”，并编撰有《风雨楼书目》。光绪三十一年（1905），与章太炎等人在上海创办了“国学保存会藏书楼”，收藏大量珍本古籍。该楼藏书楼刚开办时约有书近6万余卷，是集合邓实、黄节、刘师培3人所捐图书作为基本藏书。藏书于1906年10月正式开放。办藏书楼的宗旨是：庋藏古今载籍，搜罗秘要图书，以供本会会员及会外好学之士观览。它也对社会上好学之士开放。他亲自参与了该藏书楼的管理，对书籍逐一检阅、编号、分类，装订和修补破损的图书；完成了重新编目工作。并编制有目录。撰写有《国学保存会藏书志》；1932年实因经费短缺闭楼，藏书最后由他捐献给复旦大学图书馆。刊刻图书有《风雨楼丛书》50册、《风雨楼秘籍留真》10册，皆为影印各名家手写稿本。如顾苓、孙承泽、朱彝尊、王芑孙等人的手写稿本。藏书印有“秋枚”、“鸡鸣风雨楼藏书记”、“鸡鸣子”、“实”等数枚。