金庆孙原名云来，是新罗敬顺王金傅之十一世孙。他本贯庆州（他死后这支金氏家族因蒙古侵略庆州而徙家全州，故被视为全州金氏），是平章事金台瑞次子，兄为高丽元宗之岳父金若先。

金庆孙出生前，他母亲做了一个胎梦，梦见五色云间一群人围着一个青衣童子，从天降落她的怀中，于是怀了孕。金庆孙出生后，容貌俊美，头上有起骨龙爪。他“性庄重和裕，智勇绝人，有胆略”，即使是在室内也会穿着正式，发怒时须发就竖起来。

金庆孙出身高门贵族，再加上其兄金若先深受武臣政权首领崔瑀（崔怡）的器重并成为其女婿，所以他早年以荫叙入仕，担任了许多华贵显要的官职。辛卯年（1231年）七月，蒙古帝国大举入侵高丽，高丽蒙古战争爆发。高丽连战连败，咸新镇、铁州相继失守并遭屠城。金庆孙时为静州分道将军，他率领衙内敢死士十二人，打开城门与蒙古兵力战，使蒙古兵退却。随后蒙古增援部队赶来，静州居民认为城池无法守住，全部溃逃，金庆孙回城时已空无一人，于是率此十二死士登山夜行，在七天七夜没吃饭的情况下转移到龟州，与西北面兵马使朴犀、朔州戍将金仲温共同抗击来犯之敌。九月，蒙古兵临龟州，金庆孙率十二死士与诸城别抄出城将战，他于出城时训令士卒说：“你们都是不顾性命、死而不退的人！”右别抄伏地不应，金庆孙便命令他们退回城内。金庆孙在战斗中手射蒙兵先锋黑旗一骑，当地毙倒，十二死士因之奋战，流矢中金庆孙之臂，鲜血淋漓，手仍然不停击鼓。交战了四五个回合后，蒙古兵退却，金庆孙整队还营。朴犀被他的勇敢所感动，亲自迎拜并流泪，把龟州守城的重任都委任给金庆孙。