重和元年（1118年），青龙江浦湮塞，少有蕃商船舶前来华亭，朝廷决定罢去正官，令华亭县县官兼监。

宣和元年（1119年），青龙江浦开挖畅通，蕃商船舶辐辏住泊，华亭县依旧设置专职市舶监官。

绍兴元年（1131年），青龙镇港始设市舶务，管理蕃舶及对外贸易。镇上同时设有水监、茶、盐税场和酒务。

绍兴二年（1132年）三月初一（3月21日），两浙路市舶提举司从杭州移驻华亭县，管辖l临安府（杭州）、明州（宁波）、温州、秀州（嘉兴）、华亭（松江）、青龙镇等处市舶务。绍兴十五年又增加江阴市舶务。

绍兴六年（1136年），江湾镇成为商贾舟船经由要冲之地，昆山县知县张汉之上言请求在江湾浦口设置榷货场，量收海船过税。

乾道二年（1166年）六月初一（7月1日），诏罢两浙路市舶提举司，所辖各处市舶务划归转运使提督。

乾道七年（1171年），秀州知府丘盍水利条奏提出：华亭县东北有俞塘、黄浦塘、盘龙塘通接吴淞江，皆泄里河水涝。

开禧元年（1205年），华亭县市舶务被撤销。

景定末或咸淳初年（1265年前后），上海设镇，置市舶提举分司。由缪相之任市舶官，上海镇取代青龙镇成为对外贸易之新港口。

咸淳三年（1267年），董楷提举上海市舶分司，兼领镇监。

咸淳七年（1271年），陈珩提举上海市舶分司，重修顺济庙（即清时在小东门外的天妃宫），作为海舶进出港口的祷祀中心。

元至元十四年（1277年），元政府在上海设市舶司。

至元十七年（1280年），上海市舶官王楠提出“双抽蕃货，单抽土货”的税收政策。

至元十九年（1282年），朱清、张碹与上海总管罗壁一起创行海运漕粮至大都（北京），自至元二十年（1283年）至天历二年（1329年）历时46年，共计海运漕粮8300万石。

大德二年（1298年），元政府撤销上海市舶司，上海地区港1：3贸易重心转移至刘家港。

明永乐元年至二年（1403-1404年），户部尚书夏原吉治水苏松，形成新的通海河道-黄浦江。

永乐十年（1412年），在长江口筑土为山，立堠为志，以为进出口海船往来之望。

嘉靖元年（1522年），李充嗣带领民工自夏驾浦引吴淞江水从宋家浜至陆家嘴与黄浦江合流。至此，黄浦江水系定型。

清顺治十二年（1655年），清政府颁布禁海令，严禁商民下海贸易，犯禁的不论官民一律处斩，货物入官。港口航运贸易受到严重影响。

康熙二十三年（1684年），清政府解除海禁，开海贸易。

康熙二十四年（1685年），上海没立江海关，关址初设华亭县渫阙，两年后移至上海县城宝带门内旧察院，专司江苏地区海洋船舶税钞。

康熙五十四年（1715年），上海港第一座由上海和崇明籍沙船海商建造的商船会馆落成。

康熙五十六年（1717年），清政府为遏制西方商船北上贸易，禁止在上海口岸从事南洋贸易，但东洋贸易照常。

道光五年（1825年），协办大学士英和上《海运疏略》要求重开上海漕运。第二年，从上海雇沙船装运漕粮直运天津。

道光十一年（1831年）七月，德籍传教士郭士立，乘中国商船从暹罗来到上海，收集航运、经济情报。

道光十五年（1835年）九月六日（10月8日），英国传教士麦都士，乘一艘双桅飞剪船到上海窥探。

道光二十二年（1842年）五月十一日（6月19日），英军占领上海县城；七月二十四日（8月29日），《中英南京条约》签订，上海定为5个通商口岸之一。是年英国海军强制测量了长江口至南京河段，绘制成“徐六泾至海”草测海图。

道光二十三年（1843年）二月二十三日（3月3日），三艘美船抵吴淞口外，欲至上海贸易；十五日，又来一艘美船，均令其赴广州贸易。

道光二十四年（1844年），年底驻沪英国领事向在沪的英国船员和退休船长签发上海港引水执照，开外国人充当上海港引水员之先例。是年停泊在吴淞口的鸦片趸船，增至6艘。

道光二十六年（1846年）九至十月间，英领事阿礼国发布通告，公布《上海港埠章程》。

道光二十七年（1847年）二月六13（3月22日），上海道公布《上海港船只锚地章程》，其中规定在黄浦江东岸必须一直保留一条通道，以便各国船只可以自由通行。

咸丰元年（1851年）八月二十九日（9月24日），上海道发布了《上海港口管理章程》。

咸丰三年（1853年），英商在浦东建董家渡船坞。

咸丰五年（1855年）十一月二日（12月10日），英、美、法领事联名公布《上海港引水章程》。

咸丰六年（1856年）十至十一月间，长江口北岸标桩处建砖塔一座，白天导航，称“塔标”。

咸丰七年（1857年）二至三月间，英国海军复在扬子江口及吴淞设置棱形铁质浮筒8具；是年在汉口路外滩建成了一座古庙式的江海关关署。

咸丰八年（1858年）一至二月间，吴淞内沙又设置两艘航标船，分别漆为红、白二色，并各悬挂红、白二色旗帜。

咸丰九年（1859年），海关颁布《黄浦江河泊章程》，规定洋船停泊区的上限自洋泾浜北岸扩展到天后宫，下限自苏州河南岸扩至虹口新船坞。

咸丰十年（1860年），海关巡工司首次在张华浜吴淞信号站设立水尺。

咸丰十一年（1861年），英商宝顺洋行和美商旗昌洋行分别在虹口建造轮船码头。

同治三年（1864年），海江海新关，在殷行乡张华浜沿浦滩设理船厅，建造码头，藉以稽察轮船之出入。

同治五年（1866年），美国太平洋邮轮公司开设上海经日本濑户至横滨的航线。

同治六年（1867年）九月，美国太平洋邮船公司轮船“哥斯达黎加”号由旧金山驶抵上海，由此开辟了旧金山至上海航线。

同治八年（1869年）正月，上海港港警队伍正式成立。

同治九年（1870年），上海港建成花鸟山灯塔。

同治十年（1871年），上海港建成成佘山灯塔。

同治十一年（1873年），轮船招商局在上海成立，并购置上海、天津码头、栈房。是年在吴淞口左岸修建了吴淞灯塔。

光绪十二年（1886年），北德意志轮船公司开辟了不来梅和上海之间的航线。

光绪十三年（1887年），商昌兴火轮船公司开辟了加拿大西岸的温哥华和维多利亚至上海、香港的航线。

光绪二十九年（1903年），江海关港务长在上海建成“江兴”号牵引信号灯船，并在长江口下游承担任务。

光绪三十三年（1907年），浦江整治重点工程-吴淞口西导堤动工，堤身自吴淞口朝东北呈弧形向长江伸展，长4575英尺（1395米）。

民国元年（1912年）1月，在吴淞口炮台湾工作船港池内建吴淞水文站；在苏州河与黄浦江交会处建立黄浦公园水文站。

民国10年（1921年）4月2日，上海港设立佘山基岩标，简称佘山基点。

民国13年（1924年）12月，周家嘴岛吹填开工，民国24年（1935年）吹填成陆，面积1700余亩。

民国17年（1928年）2月，浚浦局参建的江海关大厦（中山东一路13号）落成。浚浦局迁人大厦办公。

民国18年（1929年）3月，岸线管理划归上海市港务局接管，将原规定修订成《市民使用岸线规则》。

民国33年（1944年），浚浦局在吴淞验潮站旁设置永久性水准基石，定名“吴淞水准基点”。

1962年1月6日，上海河道工程局将“海航”、“港浮”、“港桥”、“利翔”、“东测4”号等船组成上海港第一支航标船队。

1970年11月1日，上海港务局张家港装卸区正式开港投入生产。

1973年，上海港对外贸件杂货码头和煤炭泊位进行机械化改造。

1974年2月15日，中华南栈码头煤炭装卸机械化作业线正式动工。

1975年7月，上海港务局动工兴建的陈山原油码头竣工投产使用（12月划归上海石化总厂领导）。

1982年5月20日，上海航道局“航浚4009”轮赴墨西哥托波洛班港施工。

1986年12月26日，杨家渡码头改造工程开工。

1987年1月10日，上海-武汉长江国际集装箱专线运输开通。

1990年3月20日，宝山港区正式投入装卸生产。

1993年10月30日，上海港外高桥港区一期工程建成投产。

1996年12月20日，上海港新港区罗泾煤码头一期工程建成投产。

1997年1月15日，上海航标区鸡骨礁灯塔专项改造工程通过交通部验收。

1999年1月14日，外高桥港区一期码头集装箱化改造工程通过国家验收；10月18日上海港首条长江支线船舶中转起落驳应急通道在宝山港务公司5号、6号泊位正式开通。

21世纪后，上海港先后建成外高桥三期和四期码头。

1996年1月，上海启动建设国际航运中心。

2002年6月，上海港洋山深水港区开工建设。

2005年12月10日，上海港洋山深水港区一期工程建成投产，洋山保税港区同时启用。

2009年9月16日，上海港洋山深水港区三期工程（二阶段）通过国家竣工验收。

2023年9月22日，上港集团宣布上海港集疏运中心建成。

2024年1月，根据上港集团发布的最新统计数据，2023年上海港集装箱吞吐量突破4900万标准箱(TEU)，连续14年位居世界第一。2024年上半年，上海港两大空箱调运中心空箱吞吐量超140万标箱。8月7日上午，上海港罗泾集装箱港区一期正式开港，这意味着连续14年位居全球集装箱吞吐量第一的上海港再扩容。

上海港位于中国大陆海岸线中心、长江入海的咽喉，是中国自西向东以长江为横轴线和自北向南以海岸线为纵轴线的交汇点。地理坐标为北纬31°14′，东经121°19′。上海港港区有黄浦江66.6千米及长江口南水道南岸106.5千米两部分。上海港区陆域由长江口南岸港区、杭州湾北岸港区、黄浦江港区、洋山深水港区组成。沿海北距大连558海里，南距香港823海里，长江西溯重庆2399千米。截至2005年，上海港水域面积3620.2平方千米。其中长江口水域3580平方千米；黄浦江水域33平方千米，港区陆域7.2平方千米。海港水域由长江口和杭州湾水域、黄浦江水域、洋山港区水域，以及长江口锚地水域、绿华山锚地水域组成。

上海港口的间接经济腹地主要有浙江南部、江苏北部、安徽、江西，以及湖北、湖南、四川等省。港口物资流向腹地：包括浙江、江苏、安徽、江西、湖北、湖南、四川、福建、河南、陕西、青海、甘肃、宁夏和新疆等地。

上海港所在地，属亚热带海洋性季风气候。受冬、夏季风交替影响，四季变化分明。全年温暖多雨。年平均气温约16℃，年降水量约1148.8毫米。

上海港风况以东南风最多，西风及东北风次之，强风为东北风。1884-1981年98年间，影响严重的台风（风力大于等于10级）有55次，台风持续时间最长达3天，最大风速为43.9米/秒。上海港年平均雾日为25.5天，一般在上午10时前消散，终日不散的大雾极少出现。

上海港所处的长江口和黄浦江潮汐属非正规半日潮，吴淞口黄浦江水位特征值：最高高潮位5.74米，最低高潮位1.12米；最低低潮位一0.25米，最高低潮位3.33米；最大潮差4.48米，最小潮差0.02米，平均潮差2.31米（吴淞零点）。黄浦江涨落潮时为往复流，弯道附近水流较急。一般大汛涨潮流速1.34米/秒，落潮流速1.1米/秒；小汛涨潮流速0.67米/秒，落潮流速0.93米/秒，最大涨潮流速1.81米/秒；最大落潮流速1.51米/秒。

截至2014年，上海港公用码头生产用仓库总面积计34.5万平方米和散粮圆筒仓17万立方米，生产用堆场总面积计177.6万平方米，其中煤堆场28.3万平方米；集装箱堆场54.7万平方米。

截至2014年，上海港共有各类装卸机械计3256台，其中起重机械类578台，输送机械类660台，搬运机械类980台；另沪港合营的集装箱码头有限公司拥有搬运、专用机械204台。

截至2014年，上海港务局共有港作船舶373艘，其中引水船4艘，消防船7艘，交通船18艘，供应船11艘，清洁船5艘，带缆船14艘。

上海港口经营业务主要包括装卸、仓储、物流、船舶拖带、引航、外轮代理、外轮理货、海铁联运、中转服务以及水路客运服务等。

上海港口主要经营的货类为集装箱、煤炭、金属矿石、石油及其制品、钢材、矿建材料、机械设备等。

2004年，上海港全年新开国际集装箱班轮航线33条，其中欧洲、北美、中东、澳洲等远洋班轮航线21条，通达世界12大航区，与近200多个国家和地区的500余个港口建立了业务往来。

截至2021年，上海港已经与全球221个国家和地区的500多个港口建立了集装箱货物贸易往来，拥有国际航线80多条。

2024年5月9日，伴随着悠长的鸣笛声，“润发平安”轮缓缓驶离南京港江北集装箱码头204泊位，驶向上海洋山港码头，标志着南京港至上海港外贸内支线直航首航开通。

截至2003年底，上海港集装箱航班每月达1494班，其中：远洋航线279班，近洋航线416班。

2003年，上海港货物总吞吐量3.16亿吨中，煤炭及制品5682.3万吨，金属矿石4098.5万吨，矿建材料2533.8万吨，钢铁2112.2万吨，油气及制品2109.6万吨，机械设备1907.7万吨。集装箱货物10225.1万吨，占全港货物总吞吐量的32.35%。

2014年，上海港货物吞吐量7.55亿吨，集装箱吞吐量3528.5万标准箱。

2015年，上海港年货物吞吐量达7.17亿吨，其中集装箱吞吐量3653.7万标准箱。

2016年，上海港完成货物吞吐量7.02亿吨，完成集装箱吞吐量3713万标准箱。

2018年，全国港口货物吞吐量完成143.51亿吨，居世界第一；上海港在港口货物吞吐量世界排名前十的港口中，排名第二。

2020年，上海港集装箱吞吐量达到4350万标准箱。

2022年1月1日，上海港集装箱吞吐量已经突破4700万标准箱，连续十二年坐稳世界集装箱第一大港的位置。

2022年5月26日，交通运输部举行新闻发布会，交通运输部运输服务司副司长李华强介绍了目前我国物流保通保畅的相关情况。上海港集装箱日吞吐量回升至正常水平的95.3%。

2023年1月1日，记者从上港集团了解到，上海港2022年集装箱吞吐量突破4730万TEU（标准箱）大关，连续第十三年蝉联全球第一。

2023年上海港集装箱吞吐量再创新高，连续第14年领跑全世界，实现了4915.8万标准箱。

2024年7月上海港集装箱吞吐量预计超过480万标准箱，创月度历史新高。其中，7月21日上海港以172080标准箱刷新昼夜集装箱吞吐量纪录。

截至2024年7月15日，上海港对部分持有第三国签证的外籍人士实行144小时过境免签政策。外籍人士从上海境前往第三国（地区），可免办签证从上海港入境出境，在上海、江苏、浙江三省（市）范围内停留不超过144小时。

在上海港适用144小时过境免签政策国家名单共54个：

奥地利、比利时、捷克、丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国、德国、希腊、匈牙利、冰岛、意大利、拉脱维亚、立陶宛、卢森堡、马耳他、荷兰、波兰、葡萄牙、斯洛伐克、斯洛文尼亚、西班牙、瑞典、瑞士、摩纳哥、俄罗斯、英国、爱尔兰、塞浦路斯、保加利亚、罗马尼亚、乌克兰、塞尔维亚、克罗地亚、波黑、黑山、北马其顿、阿尔巴尼亚、白俄罗斯、挪威、美国、加拿大、巴西、墨西哥、阿根廷、智利、澳大利亚、新西兰、韩国、日本、新加坡、文莱、阿联酋、卡塔尔等

1984年6月19日，上海港与新奥尔良港签订友好港协议书。

1992年10月8日，上海港与法国马赛港结为友好港。

1994年4月12日，上海港与韩国釜山港结为友好港；11月9日上海港与加拿大温哥华港结为友好港。

1995年3月7日，上海港与新西兰奥克兰港结为友好港；5月11日上海港与瑞典哥德堡港结为友好港。

2007年，上海港罗泾港区二期工程水工码头D标工程获得上海市水运工程优质结构奖。

2009年，上海港罗泾港区二期工程获得交通部优质工程奖。

2011年，上海港罗泾港区二期工程获得国家优质工程金质奖。

2021年12月23日，被列入2021年可持续发展港口十强名单。

上海港洋山港区四期码头是中国经济融入全球经济的重要象征，它将进一步推动中国贸易和投资自由化便利化。（时任中央政治局常委，国务院总理李克强评价）

洋山深水港区四期工程的开港，对扩大上海港集装箱吞吐能力、巩固提升上海港国际枢纽地位、推进上海国际航运中心建设将发挥十分重要的作用。（时任上海市委副书记）