由生员任直隶河间知府。顺治三年（1646），迁宁武兵备道。顺治五年（1648），迁江南左布政使。顺治十三年（1656），巡按秦世桢以刘汉祚转运军需正已，率属举荐，擢福建巡抚。

时海逆郑成功袭陷闽安镇，山贼纷起，刘汉祚入境疏奏地方雕敝情形及筹饷诸事。次浦城招抚山寇林雯、魏赐等，收其伪印、兵器。檄各路员弁，会剿海寇陈德容，破其党蔡赤、潘桂等。十二月，招降伪都督李凤等一百五十余员。

顺治十四年（1667），总督佟岱劾侍郎周亮工任闽藩时贪酷四十欵，下抚按勘讯刑鞫如佟岱指。诏亮工住闽质讯，会佟岱以他事解任，汉祚审得各欵皆虚，以案情重大，承审官同犯证解部定拟。亮工後得免死起用。於是御史张所志劾汉祚才庸年迈，避怨避劳，於重案依违两端，请罢斥。汉祚亦具疏乞休，从之。御史许之渐续劾汉祚賍私等欵，在闽候质巡按范平讯无据，之渐以妄奏议处。汉祚年老休致，免议，後十余年卒於家。