武昌起义之后，在山东独立实现、并被推为总统（大都督）后，他不久就宣布此系误会，变化无常。他大肆破坏独立，镇压群众，在短短10多天内山东独立即被取消。

1913年9月，任北京政府外交总长。1914年2月，代国务总理。1915年日本提出二十一条后辞职。1916年，任审计院长。

1916年4月，任财务总长兼盐署督办。6月兼汉冶萍公司及招商局董事长职务。1920年春，任经济调查局总裁。1922年1月，任扬子江水道讨论委员会会长。同年4月， 任外交部太平洋会议善后委员会副会长。

1924年1月，任北京政府国务总理，兼外交委员会委员长，任内与苏联建立外交关系，向德国索赔成功。 1925年2月，任淞沪商埠督办。1926年任中法大学董事长。

尽管孙宝琦晚年生活拮据，却仍然致力于慈善、教育和实业事业。他曾担任扬子江水利委员会委员长，同时还担任全国赈务督办、华洋义赈会长和中法大学董事长等职务。

孙宝琦长期饱受胃溃疡的困扰，多年来只能进食清淡的面食。他在一次港粤社会人士的宴会上过量摄入油腻食物，导致胃病恶化。最终，他于1931年2月3日在上海离世，享年64岁。他的遗体被安葬在杭州的杨家牌楼墓地。

第一个提出立宪的清朝大臣

1902年至1905年，孙宝琦出任驻法公使，后还兼任驻西班牙公使。在欧期间，他用心考察列强政情，参观兵工厂、机器厂，思想日趋维新。1904年，他上书清廷，倡言立宪，成为清朝大臣中第一个明确提出“立宪”的人。

暗中帮助孙中山

其时，有一湖北籍留德学生王发科，因参加兴中会被另一满族留学生以言语威胁。王发科胆小怕事，遂与汤芗铭合谋盗取了孙中山的文件包，内有机密文件和兴中会会员名单。二人如获至宝，交至驻法公使馆以求“戴罪立功”。不料，孙宝琦不仅没有严查，反而叱令二人将文件包送还，还派人密函孙中山“危险速逃”。孙宝琦思想之进步，由此可见一斑。

倡导收回青岛主权

1905年年底孙宝琦归国，即署理顺天府尹。1907年任驻德公使。当时德国正欲交好中美，共抗英日，孙宝琦即奏请清廷借机收回青岛主权，后知收回青岛无望，于1908年辞职回国。

主政山东，响应辛亥革命

孙宝琦与奕劻是姻亲，1909年10月，受奕劻推荐，孙宝琦得任山东巡抚。上任不久，他即大展身手，开始立宪活动，还向德国收回了部分铁路路权，为时人所称颂。

辛亥革命爆发后，孙宝琦顺应民意，于1911年11月13日宣告山东独立，任山东都督。同时他又向朝廷解释是“奏请独立”，目的是应付时局，伺机恢复。11天后，袁世凯以强硬手段迫使孙宝琦宣布取消独立。经此大变，孙宝琦心力交瘁，告病辞职。

外交总长到国务总理

1912年冬，袁世凯委任孙宝琦为考察日本实业专使，出使日本，以示友善。第二年，又起用孙宝琦为外交总长，取代陆征祥处理中俄外蒙问题。1913年11月5日，两国签署《中俄声明文件》，埋下了外蒙古脱离中国的恶果。

1914年，孙宝琦连任徐世昌内阁外交总长，并兼代国务总理。夏，第一次世界大战爆发，日本趁机抛出“二十一条”，孙宝琦拒绝接受日本要求，遭到反对后，主动辞去总理职务。之后，孙宝琦先后担任过财政总长、税务督办等职务，周旋于北京官场。一战结束后，他联合各界人士，发起取消不平等条约和收回租界运动。

1923年，曹锟贿选成为总统，为收买人心，他在1924年1月授意众议院推举孙宝琦为内阁总理。7月，因孙宝琦反对金佛郎案与财政总长王克敏发生冲突，被迫辞职下台。孙宝琦此次担任国务总理，不过短短半年时间。

民国第一位驻外大使

1925年8月，北京政府任命孙宝琦为驻苏第一任特命全权大使，成为民国外交史上第一位驻外大使。后因经费问题迟迟不得到任及中苏关系发生动荡，孙宝琦在1927年3月辞职，正式退出政坛。

晚年生活

1927年，孙宝琦赴天津静养，并从事慈善文教活动，1928年，定居于上海。晚年的孙宝琦为人清廉，乐善好施，但他举债投资失败，生活终究拮据起来。

1931年2月3日，孙宝琦胃病发作，医治无效，在上海病逝，享年65岁。

1909年孙宝琦回国述职，他就在庆亲王的极力保荐下当上了山东巡抚。但两年之后，孙宝琦却尝到了当巡抚的另一番滋味。

被迫参与山东独立

1911年11月13日，在山东联合会大院里布置了“山东独立大会”会场，上午8时已是人山人海，实现独立如同盛大节日的来临，山东各派政治势力的代表，如联合会的各界人士、同盟会的革命派、第五镇的官兵，以及商界、学界都派代表出席了大会，与会者近万人，孙宝琦也应邀参加会议。

时任山东省各界联合会会长的夏溥斋宣布大会开始，与会者情绪热烈，众口一词认定：以山东所处的环境而论，正在危急存亡、千钧一发之际，非立即宣布独立，否则决不能挽救当前的局势。

但是，任凭群情激昂，孙宝琦仍然保持着那副顽固的面孔。夏溥斋力劝孙宝琦认清形势，顾全大局。而孙宝琦却说：“吾为朝廷守土，土不能守，惟有死耳。即不死，亦不能率领诸君独立。”

立宪派丁世峄等人要孙宝琦尽快表态，免得惹起众怒，局面不好收拾。孙宝琦却说：“我是清朝官吏，清政府只要存在一天，我须尽一日之责任。”同盟会会员纷纷厉声谴责孙宝琦的顽固态度，而他依然放言：“政府一日不倒，则山东一日不得与清政府断绝关系。”孙宝琦的这种顽固嘴脸与独立派形成水火之势，局面就这样僵持着。

时针已经整整转了一圈，持续了一天的大会依然没有走出僵局。晚上8点，同盟会与军队商议，不能再这样拖延下去，必须立即采取行动。

同盟会负责人丁惟汾派人将会场的各个门口守住，严禁人员出入，一些军人则掏出手枪，进一步鼓动示威，赢得会场上群众的高声附和，局面大有一触即发之势。这时，身穿黄咔叽军服、腰系棕色宽皮带、佩着肩章、斜挎红色值日带的五镇参谋黄治坤一个箭步登上台来，他拽着夏溥斋的胳膊厉声喝道：“夏会长，今天如果孙巡抚不答应独立，这个会就要继续开下去。我告诉你，我们五镇官兵在会场里有200多支手枪，他要是顽固拒绝，说不定会闹出什么事来，也许会出人命。”

孙宝琦一看这阵势，顿时失去了温文尔雅的常态，脸色由黄变红，由红变白，浸出一层冷汗。看到大势已去，人心难违，再这样磨蹭下去，局面将更加不堪收拾。他思考了片刻之后，便装腔作势地将头上的顶戴花翎摘下来，往桌子上一放，带着颓丧的腔调说：“大家既都认为独立相益，与山东有利，我也不坚持己见！”夏溥斋立即宣布：“孙抚台已经承认全省宣告独立了！”顿时，全场一片欢腾。同盟会会员将已经印好的《山东独立宣言》张贴在会场的四周，会场响起了一阵阵的口号声：“山东独立万岁！中国革命万岁！”

只当了13天的都督

“山东独立大会”的最后一项议程是选举山东都督，各派议论纷纷，意见统一不起来，还是夏溥斋从中斡旋：“正是孙抚台的顾全大局，山东独立才得以实现，况且他提出的4个条件我们也都已接受，我看就选孙抚台为山东都督吧。”大家沉默不语，夏溥斋接着说：“既然大家都不说话，就算默认了，下面请孙都督宣誓就职。”孙宝琦也不推脱，慨然允诺，大摇大摆走到台上宣起誓来。

独立实现后，孙宝琦身为已与清政府决裂的山东军政的都督，仍循旧例在珍珠泉抚署召开司道会议，他态度暧昧，明里暗里却极力纵容煽惑反独立的情绪。他寄函外国驻山东官员，通报情况，仍袭用独立之前所用政府关防，沿用清朝宣统皇帝的年号。

清政府、顽固派对山东独立恨之入骨，因此，取消独立的逆流也在暗中酝酿着。至袁世凯掌权，这股逆流便形成为强大的复辟力量。经过几天紧锣密鼓地筹划，顽固派张广建、吴炳湘伙同五镇内的反独立派、咨议局的失意政客、各界落难士绅，向新政权、独立派、革命群众发难了，他们成立了名曰“山东全体维持会”的反独立组织，当天就在济南的山西会馆召集会议，孙宝琦参加了会议。

而此时，五镇炮标标统张树元则下令支起了4门大炮，其中两门对着都督府，两门对着联合会驻所，以大炮威胁与会人员，并告知：“会议事项立即议决，不得拖延。”炮口威逼下的会议，十分顺利地签署了“决议”。对于独立，孙宝琦本来就不赞同，而取消独立孙宝琦则是求之不得。一看时机已到，孙宝琦在会场上迫不及待地宣布取消山东独立，将都督改为巡抚，一切恢复旧制。山东独立轰然而起，倏然而倒，仅仅维持了13天。

取消独立后，孙宝琦的处境更为尴尬，宣布独立是他，取消独立也是他，如此朝秦暮楚，视政治大事为儿戏，其主子对他不能原谅，革命党人更是无比义愤，“议灭掘祖坟歼族类，以泄公愤”。此时的孙宝琦，内为清廷诘责，外被革命党人及广大民众声讨，他曾自喻“君亲两负，不可为人”。心力交瘁的孙宝琦，对政事亦无力处置，对政场也无心眷恋了，至此，他开始杜门谢客，无奈之下借机称病，躲入外国医院。之后，孙宝琦被正式解职，他在山东已无立足之地，惶惶然如丧家犬般离开了山东。

“我不是东西！”

孙宝琦的政治生命没有就此结束，1913年9月他又就任当时政府的外交总长，次年代理国务总理。民国初年，民国政府与逊位清帝国旧官吏们之间的往来仍然比较多，但孙宝琦在山东独立前后的表现一直被人“记着账”。当时，清室遗老们常拿此类事情侮辱攀附新贵者。孙宝琦曾为大清山东巡抚，摇身变为民国政府里的国务员，贵为外交总长，因而经常被人拿来诟骂。

一次，孙宝琦与赵秉钧等国务员到大清“小朝廷”来致祭，孤臣孽子梁鼎芬一眼发现了“老朋友”，他直奔这位穿大礼服只鞠躬不下跪的国务员面前，指着孙宝琦的鼻子问：“你是谁？你是哪国人？”孙宝琦被问怔了，梁鼎芬提高嗓门：“你忘了你是孙诒经的儿子！你做过大清的官，你今天穿着这身衣服，行这样的礼来见先帝先后，你有廉耻吗？你是一个什么东西！”

“问得好，你是个什么东西！”清朝旧臣劳乃宣也跟了过来，他们俩一唱一合，引过来一大群人，把孙宝琦等人围在中心。

孙宝琦面无人色，低下头连忙说：“不错，不错，我不是东西！我不是东西！”

孙宝琦5个太太，8个儿子，16个女儿，女儿其中分别嫁给庆亲王奕劻、盛宣怀、袁世凯、张佩纶的儿子。孙宝琦的七女儿孙用番嫁给了张廷重（既张佩纶的儿子，张爱玲和张子静的父亲。）

孙宝琦去世后，徐世昌为其送来挽联一副，书“门多歇浦三千客，家少成都八百桑”，横批为“旧雨晨辰”。徐世昌一面感叹老朋友一个个离开人士，另一方面赞颂孙宝琦的为人和清廉，将他比作承一代名相诸葛亮，死后只留下八百棵桑树，又说他像战国时期的春申君黄歇一样好客，门生故旧超过三千人。

1901年（光绪二十七年），袁世凯在保举孙宝琦出使西方的奏折中，称赞孙宝琦是奋发有为、办事精当、熟悉洋务的“济世之才”。

孙宝琦在京故居，位于北京东四六条胡同。